intervene
vene-v0.6.5
複数の遺伝子またはゲノム領域セットの交差および視覚化のためのツール
詳細なドキュメントは、次のさまざまな形式で入手できます。 PDF | ePUB
conda install -c bioconda interveneこれにより、すべての依存関係がインストールされ、Intervene を使用する準備が整います。
pip を使用して PyPi から Intervene をインストールできます。
PyPi からインストールします。
pip インストール介入
注: pip を使用してインストールする場合は、以下にリストされている BEDTools および R パッケージを必ずインストールしてください。
Intervene には、次の Python モジュールと R パッケージが必要です。
- Python (=> 3.3 ): https://www.python.org/
- BedTools (最新バージョン): https://github.com/arq5x/bedtools2
- pybedtools (>= 0.7.9): https://daler.github.io/pybedtools/
- パンダ (>= 0.16.0): http://pandas.pydata.org/
- Seaborn (>= 0.7.1): http://seaborn.pydata.org/
- R (>= 3.0): https://www.r-project.org/
- UpSetR (v1.4.0)、corrplot を含む R パッケージ
BEDTools の Python ラッパーである pybedtools を使用しています。したがって、Intervene を使用する前に BEDTools をインストールする必要があります。最新バージョンを使用することをお勧めしますが、古いバージョンがすでにインストールされている場合でも問題ありません。
conda がインストールされている場合は、簡単にインストールできます。
conda install -c bioconda bedtoolshttps://github.com/arq5x/bedtools2 の手順を読んで BEDTools をインストールし、それがパス上にあり、どのディレクトリからでも bedtools を呼び出せることを確認してください。
Intervene には、視覚化に UpSetR 、 corrplot という 3 つの R パッケージが必要で、高品質のベクトル図とビットマップ図を生成するには Cairo が必要です。
install.packages(c( " UpSetR " , " corrplot " , " Cairo " ))開発バージョンは、GitHub または Bitbucket のgit使用してインストールできます。
git がインストールされている場合は、これを使用します。
git clone https://bitbucket.org/CBGR/intervene.git
cd intervene
python setup.py sdist installgit がインストールされている場合は、これを使用します。
git clone https://github.com/asntech/intervene.git
cd intervene
python setup.py sdist installIntervene をインストールしたら、次のように入力できます。
intervene --helpこれにより、次のヘルプ メッセージが表示されます。
usage: intervene < subcommand > [options]
positional arguments < subcommand > :
{venn,upset,pairwise}
List of subcommands
venn Venn diagram of intersection of genomic regions or list sets (upto 6-way).
upset UpSet diagram of intersection of genomic regions or list sets.
pairwise Pairwise intersection and heatmap of N genomic region sets in < BED/GTF/GFF > format.
optional arguments:
-h, --help show this help message and exit
-v, --version show program ' s version number and exit 3 つのサブコマンドのpairwiseヘルプを表示するには、 vennおよびupsetと入力します。
intervene pairwise --help
intervene venn --help
intervene upset --helpサンプル データを使用して Intervene を実行するには、次のコマンドを使用します。テスト データにアクセスするには、 sudoまたはrootアクセス権があることを確認してください。
intervene pairwise --test
intervene venn --test
intervene upset --test Intervene をソース コードからローカルにインストールした場合、テスト データの検索に問題が発生する可能性があります。ここ https://github.com/asntech/intervene/tree/master/intervene/example_data からテスト データをダウンロードし、 --test代わりに-i使用してそれを指定できます。
./intervene/intervene venn -i intervene/example_data/ENCODE_hESC/ * .bed
./intervene/intervene upset -i intervene/example_data/ENCODE_hESC/ * .bed
./intervene/intervene pairwise -i intervene/example_data/dbSUPER_mm9/ * .bed上記の 3 つのテスト コマンドは、次の 3 つの図 (a、b、c) を生成します。
デフォルトでは、結果は現在の作業ディレクトリのIntervene_resultsという名前のフォルダーに保存されます。結果を特定のフォルダーに保存したい場合は、次のように入力します。
動揺を介入する --test --output ~/path/to/your/folder
Intervene Shiny アプリは、https://asntech.shinyapps.io/intervene または https://intervene.shinyapps.io/intervene から無料で入手できます。
Shiny アプリのソース コードは、https://github.com/asntech/intervene-shiny で入手できます。
ご質問がある場合、またはプログラムにバグが見つかった場合は、 azez.khan[at]gmail.comまでご連絡ください。
Intervene を使用している場合は、次のように引用してください: Khan A, Mathelier A. Intervene: a tool for intersection and visualization of multiple gene or genomic region sets. BMC Bioinformatics. 2017;18:287. doi: 10.1186/s12859-017-1708-7
