kma

Keep Me Around（ kma ）：イントロン保持検出

kma生物学的複製と再サンプリングを使用して、イントロン保持推定と検出を実行するRパッケージです。更新されたコードは、いつでもhttps://github.com/pachterlab/kmaにあります

インストール

インストールするには、最初に必要なパッケージがあることを確認してください。

 required_packages <- c("devtools", "data.table", "reshape2", "dplyr")
install.packages(required_packages)

その後、 devtools使用してパッケージをインストールできます。

 devtools::install_github("pachterlab/kma")

すべてがうまくいくと仮定すると、 kmaロードします：

 library("kma")

チュートリアル

インストールされたら、Rのビネットをご覧ください。

 vignette("kma")

バグと機能リクエスト

これらをgithubに提出してください。

将来の仕事

• 追加の探索的分析プロットツール
• 実験的条件間でイントロンの使用分析を差別化します
  • 現在、これを行う方法についていくつかのアイデアがあり、すぐに実装する可能性があります
• 時系列分析を提供します

著者

ソフトウェアはハロルド・ピメンテルによって開発されました。方法は、Lior PachterとJohn Conboyで開発されました。

関連するオープンソースツール

以下に、関連するツールのリストとそれらがkmaとどのように違いますか。

dexseq

DexSeqは、ゲニック領域間での使用の違いに関心があります。その結果、イントロンが「使用されている」かどうか（トランスリップ式と比較して）かどうかは判断しません。

味噌

MISOは、（PSI）でイントリックパーセントのスプライシングを計算できますが、現在はウェブサイトからの変更された注釈が必要です。 kma現在、注釈が処理されるステップ中に処理されるため、注釈を使用することができます。また、MISOは現在、複製のための組み込みサポードを提供していません。