bx python

BX-Python

BX-Pythonプロジェクトは、ゲノムスケール分析を迅速に実装するためのPythonライブラリおよび関連するスクリプトセットです。ライブラリにはさまざまな便利なモジュールが含まれていますが、特定の強みは次のとおりです。

• ゲノムスケールの複数のローカルアライメントを読んで作業するためのクラス（MAF、AXT、およびLAV形式）
• さまざまなシーケンス上の間隔に関連付けられたデータのブロックを含むディスクファイル上のインデックス作成の汎用データ構造（たとえば、巨大なファイルの個々のアライメントへのランダムアクセスを提供するため、ネットワークファイルシステムを介した使用に最適化されています）
• シーケンス上の間隔で動作するためのデータ構造
  • 染色体サイズのビットアレイと同じように機能するが、ゆっくりと領域を割り当て、すべてのセットの大きなブロックまたはすべてのスターセットビットをコンパクトに保存できるようにする「ビットセット」
  • クエリとターゲット間隔と関連する注釈の両方を維持する高速交差点テストを実行するための「交差点」

要件

現在、ビルドにはLiblzoが必要です。

インストール

パッケージはPIPでインストールできます：

pip install bx-python

Bioconda（推奨）で入手できます。

conda install -c conda-forge -c bioconda bx-python

DebianとUbuntuで利用できます：

sudo apt install python3-bx

または、リポジトリのチェックアウトから構築できます。

python setup.py install