dimple
1.0.0
精製およびリガンドスクリーニングのための高分子結晶学パイプライン。
DimpleはCCP4スイートの一部です。すべての作業は、その下に実行されるスイートの他のプログラムによって行われます。最も重要なことは、 RefMacとPhaserです。したがって、CCP4をインストールする必要があります。
最新の開発バージョンをテストするには、このリポジトリをクローンして実行します./dimple/dimpleを実行します。
Dimpleには、少しfind-blobsユーティリティが付属しています。コンパイルしないと、CCP4スイートのバージョンが使用されます。コンパイルには、MMDB2とLIBCCP4が必要なClipperライブラリが必要です。ソースからすべてを構築するか、Condaを使用してGCC 4.8でコンパイルされたバイナリをダウンロードできます。後者は、ミニコンダをインストールして行うことで実行できます。
conda install -c mw clipper
必要なライブラリがある場所に指している検索ブロブを構築するよりも：
export CXXFLAGS="-D_GLIBCXX_USE_CXX11_ABI=0 -std=c++98" # for GCC 5
cmake -D CMAKE_PREFIX_PATH=$HOME/miniconda2 .
make
インストールの必要はありません - バイナリはPythonスクリプトと同じディレクトリに配置され、Dimpleは$CCP4/binのものよりもここからプログラムを使用します。
それが機能しない場合 - 以下の連絡先方法を参照してください。
考え、コメント、またはフィードバックは大歓迎です。予想どおりに機能しない場合、またはまったく機能しない場合は、できるだけ早くお知らせください。問題トラッカーまたは電子メールccp4 helpdeskを使用するか、[email protected]にメールしてください。
ダイヤモンドの光源とCCP4-Harwellで作られています。
