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ワークフロー説明言語（WDL）

ワークフロー説明言語（WDL）は、人間が読みやすく書かれた構文を使用して、データ処理ワークフローを記述するためのオープン標準です。 WDLは、分析タスクを定義し、ワークフローでそれらを接続し、実行を並列化することを簡単にします。この言語は、プロダクションシステムのプログラマー、アナリスト、オペレーターなど、あらゆる種類のユーザーがアクセスしやすく理解できるように努めています。この言語は、散布団や条件付き実行などの一般的なパターンを簡単に表現できるようにします。 WDLは移植性のために設計されており、HPCシステムやクラウドプラットフォームなど、さまざまな環境で実行されることから選択できるいくつかの実装があります。

バージョン化

WDLバージョン化は、セマンティックバージョンのコンベンションに従います。

WDL言語には2つのバージョンがあります（例： 1.2 ）。マイナー（2番目の）バージョン数（例： 1.1 ）の増加は、言語または標準ライブラリ関数の1.2または非壊れた変更を示しています。メジャー（最初の）バージョン数（例えば、 1.0 ）の増加は2.0壊れた変化が行われたことを示しています。

WDL仕様には3つの数字のバージョンがあります（例： 1.2.0 ）。仕様バージョンは言語バージョンを追跡しますが、タイプミスの修正、追加の例、またはあいまいな言語の非破壊的な明確化を含むパッチリリース（パッチへの変更、または3番目のバージョン番号によって示される）もあります。

言語仕様

WDL仕様には、実行エンジンを実装したいものを含む、ユーザーと開発者に関連するすべての情報が含まれています。このGitHubプロジェクトは、最新バージョンの仕様のブランチを主要なブランチとして使用するため、このプロジェクトのルートURLにアクセスする限り、常に現在の仕様のバージョンが表示されます。ユーザーは、絶対に必要な場合を除き、現在のバージョンの仕様を使用することを強くお勧めします。

このブランチは、WDL言語仕様のバージョン1.2用です。このブランチに対して、新しい非破壊機能のすべての開発を行う必要があります。

スペックの以前のバージョンはこちらにあります：

1.1
1.0

WDLの作成の初期努力に対応するドラフトバージョンが多数あります。これらは機能的な仕様ですが、機能が完全に完全に見なされるべきではなく、多くのバグや不規則性が含まれています。

ドラフト-3
ドラフト-2
ドラフト-1

仕様の次のメジャーバージョンは2.0です。新しいブレイク機能のすべての開発は、そのブランチに対して行う必要があります。

コミュニティとサポート

WDLコミュニティは、繁栄するための関与に依存しています。質問をし、他のユーザーを助け、できる限り貢献することをお勧めします。相互作用は主にGitHubとSlackで発生します。 WDLコミュニティには、発表が行われる公式ブログもあります。

質問をする

議論を検索して、質問がすでに尋ねられているかどうかを確認してください。そうでない場合は、新しいディスカッションを開始します。
Slackに参加して、 #supportチャンネルで質問してください。
以前に回答した質問のバイオインフォマティクススタック交換を検索するか、新しい質問をします。
以前に回答した質問については、Googleグループを検索してください。このグループはほとんど非アクティブなので、代わりに上記の場所の1つで新しい質問をするように登録されています。

バグと新機能

既存の問題を検索します。問題がまだ報告されていない場合は、新しい問題を作成します。
機能のreqeustsについては、コミュニティからフィードバックを得るために上記の場所の1つで最初にディスカッションを開始するために囲まれています。
問題の修正/実装を提供したい場合は、プルリクエストを送信する前に貢献についてお読みください。

ドキュメント

WDL-DOCS
学習WDL
Terraが提供するWDLリソース（Broad Instituteの製品）

公開されたワークフロー

以下は、オープンソースWDLワークフローのコレクションです。必要なWDLタスクまたはワークフローは、これらのリポジトリのいずれかですでに利用可能である場合があります。または、同様のワークフローを見つけてニーズに合わせてカスタマイズする場合があります。

ドックストア
Biowdl
ブロードインスティテュートワープ
GATKワークフロー
エンコード
Terra（登録が必要）

ソフトウェアとツール

実行エンジンとプラットフォーム

WDLには公式の実装はありません。第三者は、WDLワークフローとタスクを解釈および実行するインストール可能なソフトウェアまたはホストされたプラットフォームを提供することに依存しています。 WDLにはまだ公式のコンプライアンスプログラムまたは認証プロセスがありませんが、実装者は、実装全体のワークフローの移植性を最大化するために、仕様に従ってツールを設計することが期待されています。それにもかかわらず、実装者は追加のオプション機能を提供する場合があります。利用可能な実行オプションとサポートに関する情報については、各ツール/プラットフォームに関連付けられたドキュメントをご覧ください。

実装	インストールが必要です	ローカル実行	HPC	雲
AWS Healthomics	いいえ	いいえ	いいえ	aws
クロムウェル *	はい	はい	多くの	AWSバッチ、Azure、GCP
dxcompiler	はい	いいえ	いいえ	dnanexus
miniwdl	はい	はい	スラー	AWSバッチ
テラ	いいえ	いいえ	いいえ	Azure、GCP

* Cromwellを使用してGCPでWDLワークフローを起動するためのスクリプトであるWDLランナーも参照してください

文法、パーサー、言語サポート

WDLパーサーリポジトリは、さまざまな形式で文法定義を提供し、さまざまな言語のパーサーを生成します。
MiniWDLは、WDL用のPythonバインディングと、検証、糸くず、およびワークフロー入力テンプレートの生成用のコマンドラインツールを提供します。
WomToolは、WDLの解析、検証、糸くず、および図式化のためのスタンドアロンJavaツールです。
wdltools -1）WDLドラフト-2、1.0、1.1、および2.0のANTLR4文法文法に基づくパーサーJava/Scalaライブラリを提供します。 2）Sytanxチェック、タイプチェック、糸くず、コードのフォーマット（古いWDLバージョンから新しいWDLバージョンへのアップグレードを含む）、ドキュメントの生成、WDLタスクの実行用コマンドラインツール。
WDLファイル用のパッケージマネージャーとリナーをSprockockeします。

IDEサポート

IDE	道具
emacs	Poly-WDL
emacs	wdl-mode
ジェットブレイン	ウィンスタンリー
崇高	WDL構文ハイライター
vim	VIM-WDL
ビジュアルスタジオコード	WDL構文ハイライター

ドキュメント

WDL-AIDは、WDLファイルで定義されているParameter_Meta情報に基づいて、WDLワークフローの入力のドキュメントを生成します。
wdldoc

テスト

WDLテストは、WDL実装のテストケースのコレクションです。自動テストフレームワークと互換性のある新しいテストを作成するための仕様が提供されています。
Pytest-Workflowは、実装に依存しないワークフローテスターです。 CromwellとMiniWDLの両方で使用できます。基礎となるテストフレームワークとしてpytestを使用します。テストは、YAML形式またはPythonコードのいずれかで指定できます。
Pytest-WDLは、WDLタスクとワークフローのテストを可能にするPytestユニットテストフレームワークのプラグインです。テストは、YAML形式またはPythonコードのいずれかで指定できます。

パッケージング

MiniWDL ZIP特定のWDLソースコードファイルやインポートするその他のWDLファイルを含むZIPファイルを生成します。 zipファイルはminiwdl runに直接供給でき、自動的に抽出できます。
WDLパッカーは、ワークフローとそのすべてのインポートをzipファイルにパッケージ化します。 zipは、クロムウェルのインポートzipパッケージとして使用できます。ユーティリティは、ZIPパッケージに非WDLファイル（ライセンスなど）を追加し、バイナリの再現可能な方法でzipをパッケージ化するオプションを提供できます。