bsub

LSFクラスターの提出者とモニター

Rを離れることなく、Rコード/Rスクリプト/シェルコマンドをLSFクラスターに送信します。

インストール

クランから直接：

install.packages( " bsub " )

またはgithubから：

 if ( ! requireNamespace( " devtools " , quietly = TRUE ))
    install.packages( " devtools " )
devtools :: install_github( " jokergoo/bsub " )

ドキュメント

オンラインドキュメントはhttps://jokergoo.github.io/bsub/で入手できます。

ジョブを提出します

直接rチャンクを送信します：

library( bsub )

# R code
bsub_chunk( name = " example " , memory = 10 , hours = 10 , cores = 4 , 
{
    fit = NMF :: nmf( ... )
    # you better save `fit` into a permanent file
    saveRDS( fit , file = " /path/of/fit.rds " )
})

Rスクリプトを送信します：

 # R script
bsub_script( name = " example " ,
    script = " /path/of/foo.R " , ... )

シェルコマンドを送信します：

 # shell commands
bsub_cmd( name = " example " ,
    cmd = " samtools view ... " , ... )

仕事を殺す：

bkill( job_id )

ジョブの依存関係

 job1 = bsub_chunk( ... )
job2 = bsub_chunk( ... )
bsub_chunk( ... , dependency = c( job1 , job2 ))

ジョブ情報を表示します

ジョブの概要を見る：

 bjobs
brecent
bjobs_running
bjobs_pending
bjobs_done
bjobs_exit

ジョブクエリの例は次のとおりです。

ジョブログを表示：

job_log( job_id )

インタラクティブなジョブモニター

monitor()

ジョブサマリーテーブル：

ジョブログ：

ジョブ依存図：

ライセンス

mit @ zuguang gu