ariba
2.14.7
アセンブリによる抗菌抵抗性の識別
Aribaの使用方法については、Ariba Wikiページをご覧ください。
注：現在、Aribaのサポートを提供するリソースはありません。フィードバック/問題のセクションを参照してください。
導入
クイックスタート
インストール
必要な依存関係
PIP3を使用します
ソースから
Docker
特異点
Debian（テスト）
ubuntu
依存関係と環境変数
一時ファイル
使用法
ライセンス
フィードバック/問題
引用
Aribaは、ローカルアセンブリを実行することにより抗生物質耐性遺伝子を識別するツールです。 MLST呼び出しにも使用できます。
入力は、参照シーケンスのFASTAファイル（遺伝子と非コードシーケンスの組み合わせにすることができます）とペアのシーケンス読み取りです。 Aribaは、どの参照シーケンスが見つかったかに加えて、アセンブリの品質とシーケンス読み取りと参照シーケンスの間のバリアントに関する詳細情報を報告します。
たとえば、カードから参照データを取得します。完全なリストについては、getRefを参照してください。
ariba getref ncbi out.ncbi
Aribaの参照データを準備します。
ariba prepareref -f out.ncbi.fa -m out.ncbi.tsv out.ncbi.prepareref
ローカルアセンブリを実行し、バリアントを呼び出します。
ariba run out.ncbi.prepareref reads1.fastq reads2.fastq out.run
いくつかの実行からのデータを要約してください：
ariba summary out.summary out.run1/report1.tsv out.run2/report2.tsv out.run3/report3.tsv
完全な使用手順については、Ariba Wikiページをお読みください。
Jupyterノートブックチュートリアル
ARIBAのインストール時に問題が発生した場合は、ローカルシステム管理者に連絡してください。バグに遭遇した場合は、ここでログすることができます。
Python3バージョン> = 3.6.0
Bowtie2バージョン> = 2.1.0
CD-HITバージョン> = 4.6
ママーバージョン> = 3.23
Aribaは、いくつかのPythonパッケージにも依存しており、そのすべてはPIPを介して利用できます。 ARIBAをPIP3にインストールすると、まだインストールされていない場合は自動的に取得されます。
デンドロピー> = 4.2.0
matplotlib> = 3.1.0
pyfastaq> = 3.12.0
pysam> = 0.9.1
pymummer> = 0.10.1
Biopython
PIPを使用してAribaをインストールします。
pip3 install ariba
このgithubリポジトリから最新リリースをダウンロードするか、クローンを作成します。テストを実行します：
python3 setup.py test
OS Xの注：テストでは、HomeBrew経由で個別にインストールする必要があるGawkが必要です。
テストがすべて合格した場合、インストールしてください。
python3 setup.py install
または、以下を使用してGitHubから直接インストールします。
pip3 install git+https://github.com/sanger-pathogens/ariba.git #--user
AribaはDockerコンテナで実行できます。最初にDockerをインストールしてから、Aribaの最新バージョンをインストールします。
docker pull gchr.io/sanger-pathogens/ariba:latest
すべてのDocker画像は、パッケージページにリストされています。
Aribaを使用するには、このようなコマンド（ディレクトリに代用する）を使用します。ファイルは/home/ubuntu/dataに保存されていると想定されています。
docker run --rm -it -v /home/ubuntu/data:/data sangerpathogens/ariba ariba -h
Dockerを介してAribaを呼び出す場合（上記のように）、渡されたすべてのファイルまたはディレクトリ名（EG /data /my_output_folder）の前に追加/データ /前に必要です。
Aribaは、特異性容器で実行できます。最初に特異点をインストールします。リリースには、ダウンロードする特異性画像が含まれています。
または、独自の特異点画像を作成します。
singularity build ariba.simg Singularity.def
AribaはDebianの最新バージョンで入手でき、時間の経過とともにUbuntuやDebianを使用するその他の分布に徐々にフィルター処理されます。ルートとしてインストールするには：
sudo apt-get install ariba
apt-get （上記を参照）を使用するか、Aribaの最新バージョンを入手するために、ARIBAとその依存関係をインストールするために次のコマンドを使用できます。これは、Ubuntu 16.04の新しいインスタンスでテストされました。
sudo apt-get update sudo apt-get install -y python3-dev python3-pip python3-tk zlib1g-dev bowtie2 mummer cd-hit export ARIBA_CDHIT=cdhit-est sudo pip3 install ariba
デフォルトでは、Aribaは、下の表の名前を使用して、 $PATHの依存関係を探します。この動作は、環境変数を使用して特定のプログラムにオーバーライドし、Aribaを指し示すことができます。環境変数が最初にチェックされ、設定されている場合は使用されます。それ以外の場合、Aribaはデフォルト名の$PATHを見ます。これは、次の依存関係に適用されます。
| 依存 | デフォルトの実行可能ファイル | 環境変数名 |
|---|---|---|
| bowtie2 | bowtie2 | $ARIBA_BOWTIE2 |
| CD-HIT（EST） | cd-hit-est | $ARIBA_CDHIT |
たとえば、ホームディレクトリにコンパイルおよびダウンロードしたBowtie2実行可能ファイルの正確なバージョン（Bashを仮定）を指定できます。
export ARIBA_BOWTIE2=$HOME/bowtie2-2.1.0/bowtie2
Aribaはbowtie2-buildも実行されていることに注意してください。これには、 -buildが追加されたbowtie2実行可能ファイルが使用されています。したがって、この場合、それは使用しようとします
$HOME/bowtie2-2.1.0/bowtie2-build
Aribaは、実行中に一時的に多数のファイルを作成でき、Aribaが作成した一時的なディレクトリに配置できます。 これらのファイルの合計サイズは小さいですが、それらの多くが存在する場合があります。これは、同じファイルシステムで同時に多くのジョブを実行する場合に問題になる可能性があります。一時ディレクトリの親ディレクトリは、次の優先順位で決定されます。
オプションの値--tmp_dir （そのオプションが使用された場合）
環境変数$ARIBA_TMPDIR （設定されている場合）
環境変数$TMPDIR （設定されている場合）
上記のいずれも見つかっていない場合は、実行の出力ディレクトリを使用します。
各一時的なディレクトリは、Aribaの1回の実行に固有のものであり、実行の終了時に自動的に削除されます（Aribaがユーザーに殺されたりクラッシュした場合でも）。例えば、
export $ARIBA_TMPDIR=/tmp
/tmp内の新しいディレクトリが作成され、フォームの名前が付いています
/tmp/ariba.tmp.abcdef
Suffix abcdefは、 /tmp/ariba.tmp.abcdefがまだ存在しないように選択された文字のランダムな文字列です。
上記の例外は、オプション--nocleanが使用される場合です。これにより、一時ディレクトリが出力ディレクトリに配置され、一時ファイルが保持されます。デバッグを目的としています。
usage: ariba <command> <options> optional arguments: -h, --help show this help message and exit Available commands: aln2meta Converts multi-aln fasta and SNPs to metadata expandflag Expands flag column of report file flag Translate the meaning of a flag getref Download reference data micplot Make violin/dot plots using MIC data prepareref Prepare reference data for input to "run" pubmlstget Download species from PubMLST and make db pubmlstspecies Get list of available species from PubMLST refquery Get cluster or sequence info from prepareref output run Run the local assembly pipeline summary Summarise multiple reports made by "run" test Run small built-in test dataset version Get versions and exit
完全な使用手順については、Ariba Wikiページをお読みください。
Aribaはフリーソフトウェアで、GPLV3の下でライセンスされています。
現在、Aribaのサポートを提供するリソースはありません。ただし、ソフトウェアの使用に関する問題を問題ページに報告する場合、コミュニティはあなたを支援できるかもしれません。
このソフトウェアを使用する場合は、引用してください。
Ariba：シーケンスから直接抗菌抵抗性の迅速な抵抗性ジェノタイピングは、Hunt M、Mather AE、Sánchez-BusóL、Page AJ、Parkhill J、Keane JA、Harris Sr。微生物ゲノミクス2017。DOI：110.1099/mgen.0.000131
