SIQ
1.8
シーケンスの尋問と資格は、ターゲットを絞ったシーケンスデータの分析を実行するためにあります。 SIQは、SIQPlotterを使用してインタラクティブに視覚化できる突然変異プロファイルを作成します。 Javaで書かれているため、コンピューターを持っている人なら誰でもこのプログラムを使用してシーケンスを分析できます。 NGSデータを分析できるように、情報学のバックグラウンドのない人のためにこのツールを設計および実装しました。
詳細なユーザーガイドについては、ダウンロードしてお読みください：
さらに、SIQを簡単に実行できるようにしたビデオティアルを見ることができます。
すべてのビデオを視聴し、ユーザーガイド全体を読んで、SIQの実行やデータの分析に問題がある場合は、ここで問題を作成するか、電子メールをドロップしてください。連絡先の詳細については、SIQ Paperを参照してください。
さらにreadmeに従うことを好む人のために、以下に簡単なユーザーガイドを含めました。
このリポジトリから最新の.jarファイルをダウンロードします。ダブルクリックすると、直接動作するはずです。必要なのは、機能するJavaバージョン（1.8以上）です。 64ビットバージョンのJavaをインストールしてください。 Javaをこちらからダウンロードしてインストールしてください
注：MACOやWindowsなどのほとんどのオペレーティングシステムは、インターネットから来るファイルを不信感にします。 macOSについては、「コントロール」を保持してください + JARファイルをクリックして開きます。この通知は初めて表示されます。
SIQが開始されると、次の画面が表示されます。
ターゲットを絞ったシーケンス実験をセットアップするとき、通常、2つのプライマーを使用して、関心のある軌跡を増幅します。さらに、（オプションで）実験にターゲットサイトを期待しています。これは、DNAを標的とするためにCRISPR Cas9、Cas13、I-SCEI、またはその他の酵素を使用した場合の場合です。また、SIQを使用して、トランスポゾンサイト、G-quadruplexシーケンスのサイトなどのさまざまなサイトを分析しました。 SIQはこれらの場所を使用して、1）この場所でシーケンスの変更を識別してみてください。 2）PCRプライマーが予想される場所から増幅されるようにするため（下のフィルターを参照）。
SIQには、次の入力の可能性があります。
オプションの設定：
SIQがサンプルの分析を完了すると、Excelファイルが発生します。このExcelファイルはアップロードし、SIQPlotterによって直接視覚化できます
siqplotterにアップロードします
SIQPlotterの使用方法の詳細については、ユーザーガイドまたはビデオチュートリアルを参照してください。
問題は、（正しいバージョンの）Javaがインストールされていない可能性が高いことです。最新のJavaバージョンをダウンロードしてインストールしてください。
Javaをダウンロードしてください
端末内からSIQを開始します（Windowsのコマンドプロンプト）：
cd Downloadsjava -jar SIQ_1.0.jarですオペレーティングシステムに必要なプログラムフラッシュは機能していないようです。 SIQを開始すると、FlashはSIQが実行されているディレクトリにコピーされます。プログラムはオペレーティングシステムでは機能しない可能性があります。フラッシュが機能しているかどうかを確認するには、次のコマンドの出力を確認してください
cd Downloads ./flash2
Usage: flash [OPTIONS] MATES_1.FASTQ MATES_2.FASTQ
Run `./flash2 --help | less' for more information.
or in windows:
flash.exe
Usage: flash [OPTIONS] MATES_1.FASTQ MATES_2.FASTQ
Run `flash.exe --help | more' for more information.
ビデオ1。SIQをダウンロードしてインストールします
ビデオ2。データでSIQを実行します
ビデオ3。編集を検出するためのHDRリファレンスでSIQを実行する
ビデオ4。高度なSIQオプション
ビデオ5。Siqplotterを使用したデータの分析
