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mctc lib

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version 0.3.2

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モジュラー計算ツールチェーンライブラリ

インストール

このリポジトリのソースコードからこのプロジェクトを構築するには、Fortran 2008とサポートされているビルドシステムの1つをサポートするFortranコンパイラが必要です。

メソンバージョン0.55以下、ビルドシステムバックエンド、つまりニンジャバージョン1.7または新しい
cmakeバージョン3.14以下、ビルドシステムバックエンド、すなわちニンジャバージョン1.10または新しい
FPMバージョン0.3.0以降

現在、このプロジェクトはGCC、Intel、およびPGI/NVHPCコンパイラをサポートしています。

メソンとの建物

でビルドをセットアップします

 meson setup _build

FC環境変数でFortranコンパイラを選択できます。プロジェクトの実行をコンパイルするには

 meson compile -C _build

Projects TestSuiteを使用して実行できます

 meson test -C _build --print-errorlogs

プロジェクトにmctc-libを含めるには、次のラップファイルをサブプロジェクトディレクトリに追加します。

 [wrap-git]
directory = mctc-lib
url = https://github.com/grimme-lab/mctc-lib
revision = head

ラップフォールバックから依存関係を取得できます

mctc_dep = dependency ( ' mctc-lib ' , fallback : [ ' mctc-lib ' , ' mctc_dep ' ])

ターゲットへの依存関係として追加します。

cmakeで建物

あるいは、このプロジェクトをCmakeで構築することができます（この場合、Ninja 1.10以降が必要です）：

 cmake -B _build -G Ninja

Cmake Runでプロジェクトをコンパイルします

 cmake --build _build

プロジェクトTestSuiteを使用して実行できます

 pushd _build && ctest && popd

cmakeプロジェクトにmctc-libを含めるには、 FetchContentモジュールを使用して取得します。

 if ( NOT TARGET mctc-lib)
  set ( "mctc-lib-url" "https://github.com/grimme-lab/mctc-lib" )
  message (STATUS "Retrieving mctc-lib from ${mctc-lib-url} " )
  include (FetchContent)
  FetchContent_Declare(
    "mctc-lib"
    GIT_REPOSITORY " ${mctc-lib-url} "
    GIT_TAG "HEAD"
  )
  FetchContent_MakeAvailable( "mctc-lib" )
endif ()

"mctc-lib"インターフェイスライブラリにリンクします。

 target_link_libraries ( " ${PROJECT_NAME} -lib" PUBLIC "mctc-lib" )

FPMの建物

プロジェクトルートでFPMを呼び出します

 fpm build

TestSuiteの使用を実行します

 fpm test

Run Subcommandを使用してmctc-convertプログラムにアクセスできます

 fpm run -- --help

テストにmctc-libを使用するには、パッケージマニフェストの依存関係としてそれを含めます

[ dependencies ]
mctc-lib.git = " https://github.com/grimme-lab/mctc-lib "

例

サンプルアプリケーションにmctc-convertプログラムが提供され、異なるサポートされている入力形式間で変換されます。

IOライブラリを使用して入力ファイルを読み取るには、 read_structureルーチンを使用します。最終的なジオメトリデータは、 structure_typeに保存されます。

use mctc_io
use mctc_env
type(structure_type) :: mol
type(error_type), allocatable :: error

call read_structure(mol, " input.xyz " , error)
if (allocated(error)) then
   print ' (a) ' , error%message
   error stop
end if

環境ライブラリは、ライブラリルーチンに渡される割り当て可能なerror_typeを使用した基本的なエラーバックプロパゲーションメカニズムを提供します。通常、リーダーはファイル名の接尾辞からファイルタイプを検出できます。あるいは、 filetype列挙器は、すべてのサポートされているファイルタイプの識別子を提供します。これは、 read_structureルーチンにオプションの引数として渡すことができます。

同様に、 write_structureルーチンでは、ファイルまたはユニットにstructure_typeを書き込むことができます。

use mctc_io
use mctc_env
type(structure_type) :: mol
type(error_type), allocatable :: error

call write_structure(mol, " output.xyz " , error)
if (allocated(error)) then
   print ' (a) ' , error%message
   error stop
end if

mctc-convertプログラムは、ジオメトリファイルコンバーターとして機能するためのチェーンリーダーとライターコールを提供します。 app/main.f90の実装をチェックアウトします。

エラー報告

Geometry入力リーダーは、役立つエラーメッセージを提供しようとします。ユーザーは、無効な入力のようなエラーメッセージを残してはなりません。不明確なエラーメッセージはMCTC-LIBのバグと見なされます。報告されたエラーを理解するのに苦労している場合は、問題を提出してください。レポートを改善します。

役立つエラーメッセージはどのように見えますか？ここにいくつかの例があります。

XYZファイルで宣言された原子の負の数

 Error: Impossible number of atoms provided
 --> struc.xyz:1:1-2
  |
1 | -3
  | ^^ expected positive integer value
  |

総充電は整数として指定されていません

 Error: Cannot read eht entry
  --> struc.coord:18:13-15
   |
18 | $eht charge=one unpaired=0
   |             ^^^ expected integer value
   |

固定幅エントリには、誤った値が含まれています

 Error: Cannot read charges
  --> struc.mol:29:23-25
   |
29 | M  CHG  3   1   1   3   b   2  -1
   |                       ^^^ expected integer value
   |

競合するデータグループを伴うターボモール入力

 Error: Conflicting lattice and cell groups
  --> struc.coord:37:1-5
   |
35 | $lattice angs
   | -------- lattice first defined here
   :
37 | $cell angs
   | ^^^^^ conflicting cell group
   |

エラーメッセージを表示して、入力の問題を簡単に修正できるようにするときに、できるだけ多くの情報を保持しようとします。