라이거
rliger
LIGER(게놈 실험 관계의 연계 추론)
다운코드 小编 2024년 10월
LIGER(rliger로 설치됨)는 여러 단일 세포 데이터 세트를 통합하고 분석하기 위한 강력한 패키지입니다. Macosko 연구소에서 개발하고 Welch 연구소에서 적극적으로 유지 관리 및 확장하는 LIGER는 통합 비음수 행렬 분해를 활용하여 다양한 단일 세포 데이터 세트에서 공유 및 데이터 세트별 요인을 모두 식별합니다.
Cell 논문에서 방법과 분석에 대해 자세히 알아보세요. 단일 셀 포털의 연구 "SCP466"을 통해 SN 및 BNST 분석에 사용된 데이터에 액세스하세요.
라이거 애플리케이션
LIGER는 다음을 포함하여 다양한 연구 맥락에서 실험 데이터 세트를 비교하고 대조하는 데 특히 유용하다는 것이 입증되었습니다.
1. 여러 실험에서 공유되는 세포 유형 식별: LIGER를 사용하면 연구자들은 이러한 데이터 세트가 다른 실험 조건이나 플랫폼에서 나온 경우에도 여러 데이터 세트에서 공통 세포 유형을 식별할 수 있습니다.
2. 세포 유형 구성의 차이 감지: LIGER는 다양한 조건에서 세포 유형 비율의 비교를 용이하게 하여 연구자가 약물 치료 또는 발달 단계와 같은 요인에 의해 유발되는 세포 구성의 변화를 식별할 수 있도록 합니다.
3. 세포 유형별 유전자 발현 분석: LIGER를 통해 연구자들은 여러 데이터 세트에서 다양한 세포 유형에 특정한 유전자 발현 패턴을 연구하여 세포 기능 및 분화의 기본이 되는 분자 메커니즘에 대한 통찰력을 제공할 수 있습니다.
4. 세포 간 상호 작용 조사: LIGER는 여러 데이터 세트에 걸쳐 다양한 세포 유형 간의 상호 작용을 연구하는 데 사용될 수 있으며, 이를 통해 세포 통신 및 신호 전달 경로에 대한 더 깊은 이해를 제공합니다.
라이거 기능
여러 데이터 세트가 통합되면 LIGER는 추가 데이터 탐색, 분석 및 시각화를 위한 다양한 기능을 제공합니다. 사용자는 다음을 수행할 수 있습니다.
1. 차원 축소 수행: LIGER는 주성분 분석(PCA) 및 t-SNE(t-Distributed Stochastic Neighbor Embedding)과 같은 차원 축소 기술을 위한 도구를 제공하여 통합 데이터를 시각화하고 기본 세포 관계를 식별합니다.
2. 클러스터 세포: LIGER는 유전자 발현 프로필의 유사성을 기반으로 세포 클러스터링을 촉진하여 연구자가 통합 데이터 내에서 별개의 세포 집단을 식별할 수 있도록 합니다.
3. 차등 발현 분석 수행: LIGER를 통해 사용자는 서로 다른 세포 유형 또는 실험 조건 간에 차등적으로 발현되는 유전자를 식별하여 세포 차이의 기초가 되는 분자 메커니즘에 대한 통찰력을 제공할 수 있습니다.
4. 통합 데이터 시각화: LIGER는 히트맵, 산점도와 같은 다양한 시각화 도구를 제공하여 통합 데이터를 명확하고 유익한 방식으로 탐색하고 제시합니다.
상호 운용성
LIGER는 Seurat와 같은 인기 있는 단일 세포 분석 패키지와 원활하게 통합되어 원활한 작업 흐름을 촉진하고 데이터 분석 기능을 향상시키도록 설계되었습니다.
라이거 인용
연구에 LIGER를 사용하는 경우 이에 따라 우리 논문을 인용해 주세요.
Joshua D. Welch 외, 단일 세포 다중 오믹 통합은 뇌 세포 정체성의 특징을 비교 및 대조합니다. 세포, VOLUME 177, ISSUE 7, P1873-1887.E17 (2019), https://doi.org/10.1016 /j.cell.2019.05.006
Liu, J., Gao, C., Sodicoff, J. 등. LIGER를 사용하여 여러 단일 세포 데이터세트의 세포 유형을 공동으로 정의합니다. Nat Protoc 15, 3632–3662 (2020), https://doi.org/10.1038/s41596-020-0391-8
Gao, C., Liu, J., Kriebel, AR 외. 온라인 학습을 이용한 반복적인 단일 세포 다중 오믹 통합. Nat Biotechnol 39, 1000–1007 (2021), https://doi.org/10.1038/s41587-021-00867-x
Kriebel, AR, Welch, JD UINMF는 음이 아닌 행렬 분해를 사용하여 단일 셀 다중 오믹 데이터 세트의 모자이크 통합을 수행합니다. Nat Commun 13, 780 (2022), https://doi.org/10.1038/s41467-022-28431-4
피드백 및 지원
질문, 의견, 제안 사항이 있으면 언제든지 우리 저장소에서 이슈를 열어주세요.
용법
구체적인 사용 사례에 대한 자세한 사용 예와 단계별 안내를 보려면 아래 문서를 참조하세요.
[1조 바로가기]
[제2조 바로가기]
[제3조 바로가기]
LIGER 2.0.0 이상: 버전 2.0.0부터 LIGER는 다른 패키지와의 유용성과 상호 운용성을 향상시키기 위해 중요한 업데이트를 거쳤습니다. 여기에서 이러한 흥미로운 새 기능에 대해 알아보세요. [새 기능 소개 링크]
LIGER 1.0.1 튜토리얼: 이전 버전의 rliger(v1.0.1)에 대한 튜토리얼에 액세스해야 하는 경우 GitHub 아카이브를 방문하십시오: [GitHub 아카이브 링크] 원하는 렌더링된 HTML 파일을 다운로드하고 브라우저에서 엽니다.
샘플 데이터세트
rliger 패키지에는 해당 기능의 기본 데모를 위한 다양한 유형의 소형 장난감 데이터세트가 포함되어 있습니다. R 세션에 패키지를 연결한 후 다음을 사용하여 패키지를 로드할 수 있습니다.
`R
데이터("pbmc")
데이터("pbmcPlot")
데이터("bmmc")
`
또한 scRNAseq, scATACseq, 공간 전사체학 및 DNA 메틸화 데이터를 포괄하는 보다 포괄적인 데모를 위해 엄선된 실제 데이터 세트 세트를 제공합니다. 이러한 데이터세트는 이를 활용하는 문서에 자세히 설명되어 있습니다.
위에 제공된 링크를 통해 주저하지 말고 이러한 데이터세트를 탐색해 보세요!
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이 콘텐츠는 응용 프로그램, 기능, 상호 운용성 및 사용법을 포괄하는 LIGER의 포괄적인 개요를 제공합니다. Downcodes小编는 원본 텍스트를 꼼꼼하게 재구성하고 다시 작성하여 독창성과 명확성을 보장합니다. 제목, 중요 항목 및 링크를 포함하면 사용자가 이 정보를 더 쉽게 읽고 탐색할 수 있습니다.
