Unfold.jl 다운로드 - Unfold.jl 소스코드 다운로드

Unfold.jl

기타 소스코드

v0.7.7

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견적 심상 시뮬레이션 BIDS 파이프라인 디코딩 통계

생물학적 신호에 대해 선형/GAM/계층적/역합성곱 회귀를 수행하는 도구 상자입니다.

이러한 종류의 모델링은 인코딩 모델링, 선형 디콘볼루션, TRF(시간적 응답 함수), 선형 시스템 식별 등으로도 알려져 있으며 아마도 다른 이름으로도 알려져 있습니다. HRF 기반 기능과 동공 확장 기반을 갖춘 fMRI 모델도 지원됩니다.

시작하기

?파이썬 사용자?

우리는 분명히 Julia를 추천합니다. 하지만 Python 사용자는 Python에서 직접 juliacall/Unfold를 사용할 수 있습니다!

줄리아 설치

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Julia를 설치하는 데 권장되는 방법은 juliaup입니다. 이를 통해 나중에 Julia를 쉽게 업데이트할 수 있을 뿐만 아니라 알파/베타 버전 등을 테스트할 수도 있습니다.

TL:DR; 명시적인 지침을 읽고 싶지 않으면 다음 명령을 복사하십시오.

윈도우

AppStore -> JuliaUp 또는 winget install julia -s msstore

맥 & 리눅스

curl -fsSL https://install.julialang.org | sh 어떤 껍질에 있든

Unfold.jl 설치

 using Pkg
Pkg . add ( " Unfold " )

용법

광범위한 튜토리얼, 설명 등을 보려면 문서를 확인하세요!

문서에 대한 팁

온라인에서 문서를 읽을 수 있습니다. - 또는 ?fit , ?effects julia-REPL 기능을 사용하세요. 문서를 필터링하려면 ?fit(::UnfoldModel) 등을 사용하세요.

다음은 예상되는 사항에 대한 간략한 개요입니다.

필요한 것

 using Unfold

events :: DataFrame

# formula with or without random effects
f = @formula 0 ~ 1 + condA
fLMM = @formula 0 ~ 1 + condA + ( 1 | subject) + ( 1 | item)

# in case of [overlap-correction] we need continuous data plus per-eventtype one basisfunction (typically firbasis)
data :: Array{Float64,2}
basis = firbasis (τ = ( - 0.3 , 0.5 ),srate = 250 ) # for "timeexpansion" / deconvolution

# in case of [mass univariate] we need to epoch the data into trials, and a accompanying time vector
epochs :: Array{Float64,3} # channel x time x epochs (n-epochs == nrows(events))
times = range ( 0 ,length = size (epochs, 3 ),step = 1 / sampling_rate)

모든 모델에 적합하도록 Unfold.jl은 통합된 구문을 제공합니다.

중복 보정	혼합 모델링	줄리아 구문
		`fit(UnfoldModel,[Any=>(f,times)),evts,data_epoch]`
엑스		`fit(UnfoldModel,[Any=>(f,basis)),evts,data]`
	엑스	`fit(UnfoldModel,[Any=>(fLMM,times)),evts,data_epoch]`
엑스	엑스	`fit(UnfoldModel,[Any=>(fLMM,basis)),evts,data]`

Unfold와의 비교(matlab)

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MATLAB 버전은 계속 유지되지만 Julia에서 활발한 개발이 이루어지고 있습니다.

특징	펴다	혼합되지 않은 (없어진)	펼치다.jl
중복 수정	엑스	엑스	엑스
비선형 스플라인	엑스	엑스	엑스
속도			⚡ 2-100x
GPU 지원
플로팅 도구	엑스		UnfoldMakie.jl
대화형 플로팅			계속 지켜봐 주시기 바랍니다 - 곧 출시됩니다!
시뮬레이션 도구	엑스		UnfoldSim.jl
BIDS 지원	엑스		알파: UnfoldBIDS.jl)
정신 건강 점검	엑스		엑스
튜토리얼	엑스		엑스
단위 테스트	엑스		엑스
HRF(fMRI)와 같은 대체 기반			엑스
다양한 기본 기능을 혼합			엑스
이벤트마다 다른 시간대			엑스
혼합 모델		엑스	엑스
아이템 및 주제 효과		(엑스)	엑스
디코딩			UnfoldDecode.jl
이상치에 강한 적합성			많은 옵션(그러나 느림)
?파이썬 지원			juliacall을 통해

기여

기여를 매우 환영합니다. 오타, 버그 보고, 기능 요청, 속도 최적화, 새로운 해결사, 더 나은 코드, 더 나은 문서가 될 수 있습니다.

기여 방법

문제를 제기하고 끌어오기 요청을 시작하는 것을 매우 환영합니다!

문서 추가

Literate.jl 문서를 작성하여 docs/literate/FOLDER/FILENAME.jl 에 FOLDER HowTo , Explanation , Tutorial 또는 Reference 로 두는 것이 좋습니다(4개 범주를 읽는 것이 좋습니다).
Literate.jl은 .jl 파일을 .md 로 자동 변환하여 docs/src/generated/FOLDER/FILENAME.md 에 저장합니다.
docs/src/generated/FOLDER/FILENAME.md 참조하여 make.jl을 편집하세요.

기여자

_{주디스 셰퍼스} ? ✅ ? ️	_{베네딕트 에힌거} ? ✅ ? ️ ? ️ ? ?	_{르네 스쿠키스} ? ✅ ?	_{만파 바만} ?	_{필립 올데이} ?	_{데이브 클라인슈미트}	_{사켓 사우라브} ?
_수다-bpn ?	_{블라디미르 미케예프} ?	_카르멘남	_{막시밀리앙 반 미젬} ?