nextflow
ersion
Henri E. Bal, Jennifer G. Steiner, Andrew S. Tanenbaum
Nextflow é um sistema de fluxo de trabalho para criar fluxos de trabalho escalonáveis, portáteis e reproduzíveis. É baseado no modelo de programação de fluxo de dados, que simplifica bastante a gravação de pipelines paralelos e distribuídos, permitindo focar no fluxo de dados e na computação. Nextflow pode implantar fluxos de trabalho em uma variedade de plataformas de execução, incluindo sua máquina local, agendadores HPC, AWS Batch, Azure Batch, Google Cloud Batch e Kubernetes. Além disso, ele oferece suporte a muitas maneiras de gerenciar dependências de software, incluindo Conda, Spack, Docker, Podman, Singularity e muito mais.
Instale o Nextflow com um único comando:
curl -fsSL https://get.nextflow.io | festa
Ele cria o arquivo executável nextflow no diretório atual. Você pode então movê-lo para um diretório em $PATH para executá-lo de qualquer lugar.
Nextflow também pode ser instalado a partir do Bioconda:
conda instalar -c bioconda nextflow
A documentação do Nextflow está disponível para as versões estáveis e de ponta mais recentes.
Você pode postar perguntas e obter ajuda no fórum da comunidade Nextflow ou no Nextflow Slack. Bugs e solicitações de recursos devem ser relatados como problemas do GitHub.
A comunidade Nextflow é altamente ativa com reuniões comunitárias regulares, eventos, podcast e muito mais. Você pode ver grande parte desse material nos canais Nextflow e nf-core do YouTube.
O projeto nf-core é um esforço da comunidade que agrega fluxos de trabalho Nextflow de alta qualidade que podem ser usados por todos.
Contribuições são mais que bem-vindas. Consulte o arquivo CONTRIBUTING para obter detalhes.
Nextflow é lançado sob a licença Apache 2.0. Nextflow é uma marca registrada.
Se você usa Nextflow em seu trabalho, cite:
P. Di Tommaso, et al. Nextflow permite fluxos de trabalho computacionais reproduzíveis. Nature Biotechnology 35, 316–319 (2017) doi:10.1038/nbt.3820
Nextflow é baseado em dois *ótimos* projetos de software de código aberto, Groovy e GPars.
YourKit gentilmente oferece suporte ao Nextflow com seu Java Profiler completo.
