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rliger
LIGER (Inferência Vinculada de Relações Experimentais Genômicas)
Downcodes小编 outubro de 2024
LIGER (instalado como rliger) é um pacote poderoso para integração e análise de vários conjuntos de dados de célula única. Desenvolvido pelo laboratório Macosko e ativamente mantido e ampliado pelo laboratório Welch, o LIGER utiliza fatoração integrativa de matriz não negativa para identificar fatores compartilhados e específicos de conjuntos de dados em diferentes conjuntos de dados unicelulares.
Aprofunde-se nos métodos e análises em nosso artigo da Cell. Acesse os dados utilizados em nossas análises SN e BNST através do estudo "SCP466" no Portal de Célula Única.
Aplicações LIGER
O LIGER revela-se particularmente útil para comparar e contrastar conjuntos de dados experimentais em diversos contextos de investigação, incluindo:
1. Identificação de tipos de células compartilhadas em vários experimentos: o LIGER permite que os pesquisadores identifiquem tipos de células comuns em vários conjuntos de dados, mesmo quando esses conjuntos de dados vêm de diferentes condições ou plataformas experimentais.
2. Detecção de diferenças na composição do tipo celular: O LIGER facilita a comparação das proporções do tipo celular em diferentes condições, permitindo aos investigadores identificar alterações na composição celular impulsionadas por factores como o tratamento medicamentoso ou a fase de desenvolvimento.
3. Análise da expressão gênica específica do tipo de célula: O LIGER permite que os pesquisadores estudem padrões de expressão gênica específicos para diferentes tipos de células em vários conjuntos de dados, fornecendo insights sobre os mecanismos moleculares subjacentes à função e diferenciação celular.
4. Investigando interações célula-célula: LIGER pode ser usado para estudar interações entre diferentes tipos de células em vários conjuntos de dados, fornecendo uma compreensão mais profunda da comunicação celular e das vias de sinalização.
Funcionalidade LIGER
Uma vez integrados vários conjuntos de dados, o LIGER oferece uma gama de funcionalidades para posterior exploração, análise e visualização de dados. Os usuários podem:
1. Realizar redução de dimensionalidade: LIGER fornece ferramentas para técnicas de redução de dimensionalidade, como análise de componentes principais (PCA) e incorporação estocástica de vizinho t-distribuída (t-SNE) para visualizar os dados integrados e identificar relacionamentos celulares subjacentes.
2. Células de agrupamento: LIGER facilita o agrupamento de células com base em suas semelhanças nos perfis de expressão gênica, permitindo que os pesquisadores identifiquem populações de células distintas nos dados integrados.
3. Realizar análise de expressão diferencial: O LIGER permite aos usuários identificar genes expressos diferencialmente entre diferentes tipos de células ou condições experimentais, fornecendo insights sobre os mecanismos moleculares subjacentes às diferenças celulares.
4. Visualize os dados integrados: O LIGER fornece diversas ferramentas de visualização, como mapas de calor e gráficos de dispersão, para explorar e apresentar os dados integrados de forma clara e informativa.
Interoperabilidade
O LIGER foi projetado para se integrar perfeitamente com pacotes populares de análise de célula única, como Seurat, facilitando um fluxo de trabalho tranquilo e aprimorando os recursos de análise de dados.
Citando LIGER
Se você usa LIGER em sua pesquisa, cite nosso artigo adequadamente:
Joshua D. Welch et al., Single-Cell Multi-omic Integration Compares and Contrasts Features of Brain Cell Identity, Cell, VOLUME 177, ISSUE 7, P1873-1887.E17 (2019), https://doi.org/10.1016 /j.cell.2019.05.006
Liu, J., Gao, C., Sodicoff, J. et al. Definir conjuntamente tipos de células a partir de vários conjuntos de dados unicelulares usando LIGER. Protocolo Nat 15, 3632–3662 (2020), https://doi.org/10.1038/s41596-020-0391-8
Gao, C., Liu, J., Kriebel, AR et al. Integração multiômica iterativa de célula única usando aprendizagem online. Nat Biotechnol 39, 1000–1007 (2021), https://doi.org/10.1038/s41587-021-00867-x
Kriebel, AR, Welch, JD UINMF realiza integração em mosaico de conjuntos de dados multiômicos unicelulares usando fatoração de matriz não negativa. Nat Commun 13, 780 (2022), https://doi.org/10.1038/s41467-022-28431-4
Feedback e suporte
Sinta-se à vontade para abrir um problema em nosso repositório se tiver alguma dúvida, comentário ou sugestão.
Uso
Para exemplos de uso detalhados e orientações guiadas de casos de uso específicos, consulte nossos artigos abaixo:
[Link para o Artigo 1]
[Link para o Artigo 2]
[Link para o Artigo 3]
LIGER 2.0.0 e posteriores: Desde a versão 2.0.0, o LIGER passou por atualizações significativas para melhorar a usabilidade e a interoperabilidade com outros pacotes. Saiba mais sobre esses novos recursos interessantes aqui: [Link para a introdução de novos recursos]
Tutoriais do LIGER 1.0.1: Se você precisar acessar os tutoriais da versão anterior do rliger (v1.0.1), visite nosso arquivo GitHub: [Link para arquivo GitHub] Baixe os arquivos HTML renderizados desejados e abra-os em seu navegador.
Conjuntos de dados de amostra
O pacote rliger inclui vários tipos de pequenos conjuntos de dados de brinquedos para demonstrações básicas de suas funções. Depois de anexar o pacote em uma sessão R, você pode carregá-lo usando:
`R
dados("pbmc")
dados("pbmcPlot")
dados("bmmc")
`
Além disso, fornecemos um conjunto selecionado de conjuntos de dados do mundo real para demonstrações mais abrangentes, abrangendo scRNAseq, scATACseq, transcriptômica espacial e dados de metilação de DNA. Esses conjuntos de dados são descritos detalhadamente nos artigos que os utilizam.
Não hesite em explorar esses conjuntos de dados através dos links fornecidos acima!
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Este conteúdo fornece uma visão abrangente do LIGER, abrangendo suas aplicações, funcionalidades, interoperabilidade e uso. Downcodes小编 reestruturou e reescreveu meticulosamente o texto original, garantindo originalidade e clareza. A inclusão de títulos, marcadores e links aumenta a legibilidade e a navegabilidade dessas informações para os usuários.
