napari spatialdata

napari-spatialdata: exploração interativa e anotação de dados ômicos espaciais

Este repositório contém um plugin napari para explorar e anotar objetos SpatialData de forma interativa. Aqui você pode encontrar a documentação do napari-spatialdata. napari-spatialdata faz parte do ecossistema SpatialData . Para saber mais sobre SpatialData, consulte a documentação de dados espaciais.

Instalação

Você pode instalar napari-spatialdata via pip:

pip install napari-spatialdata[all]

O comando all instalará as ligações qt PyQt5 .

Você pode encontrar mais detalhes sobre isso nas instruções de instalação.

Usando napari-spatialdata como leitor zarr padrão

Se você quiser usar o plugin como leitor zarr padrão, em napari vá para File -> Preferences -> Plugins e siga as instruções em File extension readers .

Versão de desenvolvimento

Você pode instalar napari-spatialdata do Github com:

pip install git+https://github.com/scverse/napari-spatialdata

Ou você também pode instalar no modo editável após clonar o repositório:

git clone https://github.com/scverse/napari-spatialdatacd napari-spatialdatapip install -e .

Nota: ao realizar uma instalação editável de napari-spatialdata , spatialdata será reinstalado a partir de pip . Portanto, se você também fez anteriormente uma instalação editável de spatialdata , será necessário executar novamente pip install -e . no repositório spatialdata . Encontre mais detalhes sobre isso nas instruções de instalação.

Começando

Para aprender como usar o plugin napari-spatialdata , consulte a documentação. Para saber como integrar o napari-spatialdata em seus fluxos de trabalho de análise, consulte os tutoriais do SpatialData. Em particular:

• Anotando regiões de interesse com napari

• Use anotações de pontos de referência para alinhar múltiplas camadas -ômicas

Contribuindo

Contribuições são muito bem-vindas. Os testes podem ser executados com tox, certifique-se de que a cobertura permaneça pelo menos a mesma antes de enviar uma solicitação pull.

Licença

Distribuído sob os termos da licença BSD-3,"napari-spatialdata" é um software gratuito e de código aberto

Problemas

Se você encontrar algum problema, registre um problema junto com uma descrição detalhada.

Citação

Marconato, L., Palla, G., Yamauchi, KA et al. SpatialData: uma estrutura de dados aberta e universal para ômicas espaciais. Métodos Nat (2024). https://doi.org/10.1038/s41592-024-02212-x