Sírius
SIRIUS
Nossos métodos são oferecidos à comunidade científica como recursos disponíveis gratuitamente. É proibida a (re)distribuição dos métodos, no todo ou em parte, para fins comerciais. Os serviços web SIRIUS (CSI:FingerID, CANOPUS, MSNovelist e outros) hospedados pelo grupo Böcker são apenas para pesquisa acadêmica e uso educacional. Revise os termos de serviço da versão acadêmica para obter detalhes. Para usuários não acadêmicos, a Bright Giant GmbH fornece licenças e todos os serviços relacionados. Pedimos que os usuários de nossas ferramentas citem os artigos correspondentes em quaisquer publicações resultantes.
SIRIUS é uma estrutura de software baseada em java para a análise de dados LC-MS/MS de metabólitos e outras "pequenas moléculas de interesse biológico". SIRIUS integra uma coleção de nossas ferramentas, incluindo CSI:FingerID (com COSMIC), ZODIAC, CANOPUS. Em particular, tanto a interface gráfica do usuário quanto a versão de linha de comando do SIRIUS integram perfeitamente os serviços web CSI:FingerID, CANOPUS e MSNovelist.
Os principais desenvolvedores do SIRIUS são o grupo Böcker e a Bright Giant GmbH
Documentação on-line
Tutoriais em vídeo
Capítulo do livro sobre o uso do SIRIUS 4 (pré-impressão) - não cobre a nova opção de processamento LC-MS/MS
Dados de demonstração
Logotipos para publicações e apresentações
para Windows (64 bits): msi/zip
para Mac (64 bits): pacote / zip
para Linux (64 bits): zip
Todos os lançamentos (incluindo os anteriores) podem ser encontrados aqui.
Para Windows e MacOS, a versão do instalador do SIRIUS (msi/pkg) deve ser preferida, mas pode exigir permissões de administrador.
Como não pagamos a Microsoft/Apple pela certificação, talvez seja necessário confirmar que você deseja confiar em "software de fonte desconhecida" no Windows/MacOS ao usar os instaladores fornecidos pelo grupo Böcker. Portanto, é altamente recomendável usar os instaladores assinados fornecidos pela Bright Giant (também vinculados acima). Esses instaladores facilitam o processo de instalação, não provocando nenhum (ou menos) problema de segurança no respectivo sistema operacional.
Consulte a documentação para obter detalhes.
As contas de usuário podem ser criadas diretamente através da GUI do SIRIUS. Por favor, utilize o seu endereço de e-mail institucional . Os serviços web SIRIUS são gratuitos para uso acadêmico/não comercial. Normalmente as instituições acadêmicas são identificadas pelo seu domínio de e-mail e o acesso será concedido automaticamente. Em alguns casos, pode ser necessária uma validação adicional do seu conteúdo acadêmico/não comercial. Consulte também Documentação SIRIUS – Conta e Licença.
SÍRIUS
SDK Java SIRIUS-API
SDKs API SIRIUS
Para receber notícias, ajudar ou fazer perguntas, junte-se à nossa comunidade Gitter #sirius-ms:gitter.im .
Para relatórios de bugs ou solicitação de recursos, use os problemas em nosso GitHub. Ou verifique a documentação para obter mais informações sobre este tópico.
Árvores de fragmentação e espectros podem ser carregados diretamente do SIRIUS para os serviços da web CSI:FingerID, CANOPUS e MSNovelist. Os resultados são recuperados do serviço web e podem ser exibidos na interface gráfica do usuário SIRIUS. Esta funcionalidade também está disponível para a ferramenta de linha de comando SIRIUS. Estruturas de treinamento para preditores do CSI:FingerID estão disponíveis por meio da API da web CSI:FingerID:
https://www.csi-fingerid.uni-jena.de/v3.0/api/fingerid/trainingstructures?predictor=1 (estruturas de treinamento para modo de íon positivo)
https://www.csi-fingerid.uni-jena.de/v3.0/api/fingerid/trainingstructures?predictor=2 (estruturas de treinamento para modo de íon negativo)
A interpretação manual dos espectros de massa em tandem é demorada e não trivial. O SIRIUS analisa o padrão de fragmentação resultando em uma hipotética árvore de fragmentação, na qual os nós são anotados com fórmulas moleculares dos fragmentos e os arcos (arestas) representam eventos de fragmentação (perdas). O SIRIUS permite a análise automatizada e de alto rendimento de dados MS de pequenos compostos além da composição elementar, sem a necessidade de estruturas compostas ou um banco de dados espectral de massa.
SIRIUS deduz fórmulas moleculares de pequenos compostos classificando padrões de isótopos a partir de espectros de massa de alta resolução. Após o pré-processamento, a saída de um espectrômetro de massa é uma lista de picos que corresponde às massas das moléculas da amostra e sua abundância. Em princípio, as composições elementares de moléculas pequenas podem ser identificadas usando apenas massas precisas. No entanto, mesmo com uma precisão de massa muito elevada, muitas fórmulas são obtidas em regiões de massa mais elevada. A espectrometria de massa de alta resolução nos permite determinar o padrão isotópico da molécula da amostra com excelente precisão e aplicar essas informações para identificar a composição elementar da molécula da amostra. O SIRIUS pode ser baixado como interface gráfica do usuário (consulte Sirius GUI) ou como ferramenta de linha de comando.
Kai Dührkop, Markus Fleischauer, Marcus Ludwig, Alexander A. Aksenov, Alexey V. Melnik, Marvin Meusel, Pieter C. Dorrestein, Juho Rousu e Sebastian Böcker. SIRIUS 4: Transformando espectros de massa tandem em informações sobre a estrutura do metabólito. Métodos da Natureza 16, 299–302, 2019.
Michael A. Stravs e Kai Dührkop, Sebastian Böcker e Nicola Zamboni. MSNovelist: Geração de estrutura de novo a partir de espectros de massa. Nature Methods 19, 865–870, 2022. (Cite se estiver usando: MSNovelist)
Martin A. Hoffmann, Louis-Félix Nothias, Marcus Ludwig, Markus Fleischauer, Emily C. Gentry, Michael Witting, Pieter C. Dorrestein, Kai Dührkop e Sebastian Böcker. Anotação estrutural de alta confiança de metabólitos ausentes em bibliotecas espectrais. Nature Biotechnology 40, 411–421, 2022. (Cite se estiver usando: CSI:FingerID , COSMIC )
Kai Dührkop, Louis-Félix Nothias, Markus Fleischauer, Raphael Reher, Marcus Ludwig, Martin A. Hoffmann, Daniel Petras, William H. Gerwick, Juho Rousu, Pieter C. Dorrestein e Sebastian Böcker. Classificação sistemática de metabólitos desconhecidos usando espectros de massa de fragmentação de alta resolução. Nature Biotechnology , 2020. (Cite se estiver usando CANOPUS )
Yannick Djoumbou Feunang, Roman Eisner, Craig Knox, Leonid Chepelev, Janna Hastings, Gareth Owen, Eoin Fahy, Christoph Steinbeck, Shankar Subramanian, Evan Bolton, Russell Greiner, David S. Wishart. ClassyFire: classificação química automatizada com uma taxonomia abrangente e computável. Journal of Cheminformatics 8, 61, 2016. (Publicação ClassyFire ; cite isto se você estiver usando CANOPUS )
Marcus Ludwig, Louis-Félix Nothias, Kai Dührkop, Irina Koester, Markus Fleischauer, Martin A. Hoffmann, Daniel Petras, Fernando Vargas, Mustafa Morsy, Lihini Aluwihare, Pieter C. Dorrestein, Sebastian Böcker. Anotação de fórmula molecular independente de banco de dados usando amostragem de Gibbs por meio do ZODIAC. Nature Machine Intelligence 2, 629–641, 2020. (Cite se estiver usando ZODIAC )
Kai Dührkop e Sebastian Böcker. Árvores de fragmentação recarregadas. Journal of Cheminformatics 8, 5, 2016. (Cite isto para análise de padrões de fragmentação e cálculo de árvore de fragmentação )
Kai Dührkop, Huibin Shen, Marvin Meusel, Juho Rousu e Sebastian Böcker. Pesquisando bancos de dados de estrutura molecular com espectros de massa tandem usando CSI:FingerID. Proceedings of the National Academy of Sciences USA 112(41), 12580-12585, 2015. (cite isto ao usar CSI:FingerID )
Sebastian Böcker, Matthias C. Letzel, Zsuzsanna Lipták e Anton Pervukhin. SIRIUS: decomposição de padrões de isótopos para identificação de metabólitos. Bioinformática 25(2), 218-224, 2009. (Cite isto para análise de padrão isotópico )
Shipei Xing, Sam Shen, Banghua Xu, Xiaoxiao Li e Tao Huan. BUDDY: descoberta de fórmulas moleculares por meio de interrogação MS/MS bottom-up. Nature Methods 20, 881–890, 2023. (Cite se estiver usando: Geração de fórmula molecular de baixo para cima)
Marcus Ludwig, Kai Dührkop e Sebastian e Böcker. Redes bayesianas para identificação de metabólitos por espectrometria de massa por meio de impressões digitais moleculares. Bioinformática , 34(13): i333-i340. 2018. Próc. de Sistemas Inteligentes para Biologia Molecular (ISMB 2018). (Cite para pontuação CSI: FingerID)
W. Timothy J. White, Stephan Beyer, Kai Dührkop, Markus Chimani e Sebastian Böcker. Subárvores coloridas rápidas. Em Proc. da Conferência de Computação e Combinatória (COCOON 2015) , volume 9198 de Lect Notes Comput Sci , páginas 310-322. Springer, Berlim, 2015. (cite isto sobre por que os cálculos são rápidos , mesmo em um laptop)
Huibin Shen, Kai Dührkop, Sebastian Böcker e Juho Rousu. Identificação de metabólitos por meio de aprendizado de múltiplos kernels em árvores de fragmentação. Bioinformática , 30(12):i157-i164, 2014. Proc. de Sistemas Inteligentes para Biologia Molecular (ISMB 2014). (Apresenta o mecanismo por trás de CSI:FingerID )
Imran Rauf, Florian Rasche, François Nicolas e Sebastian Böcker. Encontrando o máximo de subárvores coloridas na prática. J Comput Biol , 20(4):1-11, 2013. (Mais trabalhos anteriores sobre por que os cálculos são rápidos hoje)
Heinonen, M.; Shen, H.; Zamboni, N.; Rousu, J. Identificação de metabólitos e previsão de impressões digitais moleculares por meio de aprendizado de máquina. Bioinformática , 2012. Vol. 28, nº 18, pp. (Introduz a ideia de prever impressões digitais moleculares a partir de dados tandem de MS)
Florian Rasche, Aleš Svatoš, Ravi Kumar Maddula, Christoph Böttcher e Sebastian Böcker. Computando árvores de fragmentação a partir de dados de espectrometria de massa em tandem. Química Analítica (2011) 83 (4): 1243–1251. (Cite isto para a introdução de árvores de fragmentação usadas pelo SIRIUS)
Sebastian Böcker e Florian Rasche. Rumo à identificação de novo de metabólitos através da análise de espectros de massa em tandem. Bioinformática (2008) 24 (16): i49-i55. (O primeiro artigo a mencionar árvores de fragmentação usadas pelo SIRIUS)
A partir da versão 4.4.27, o SIRIUS é licenciado sob a GNU Affero General Public License (GPL). Se você integrar o SIRIUS a outro software, recomendamos fortemente que você torne o uso do SIRIUS, bem como a literatura a ser citada, transparente para o usuário.
