Este trabalho está em trilha webrun com implantação em (https://litgene.tumorai.org/).
O github de implantação (https://github.com/vinash85/GENELLM_WEBAPP) pode ser usado para auto-implantação da página da web.
Use a página de feedback na página da ferramenta LitGene ou entre em contato com os autores para fornecer feedback.
Link BioArxiv: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.08.07.606674v1
Veja como executar código de exemplo usando Docker.
Janela de construção:
um. Vá para o local do arquivo docker após git clone "cd LitGene/dependencies/docker/"
b. Construir docker "docker build. -t litgene"
Execute docker image/crie contêiner:
c. "docker run --name Litgene --gpus=all --previleged --ports 8888:8888 -v litgene_location:/home/tailab/LitGene -dit litgene /bin/bash"
Entre na janela de encaixe:
d. "docker exec -it Litgene /bin/bash"
Dentro do docker, vá para o exemplo de solubilidade do código:
e. "cd /home/tailab/LitGene/"
f. abra jupyter "jupyter notebook --ports 8888 --ip 0.0.0.0 --allow-root --no-browser"
No sistema onde o docker está implantado:
g. abra o navegador "https://localhost:8888"
h. insira o token
eu. execute o código de exemplo "solubilityEval.ipynb"
ou docker no sistema remoto (opcional):
g. comando aberto no sistema local
h. digite "ssh -NL localhost:8888:localhost:8888 usernme@server"
eu. repita o passo 5
(Se estiver interessado nos requisitos Conda fornecidos em LitGene/dependências testadas no Ubuntu 22 com python 3.12 e driver nvidia 535.183.01 e tempo de execução cuda 12.2 na GPU A100)
Refatoração de código em andamento em code/refactored_code Para outros arquivos de dados, modelos e arquivos de saída. Entre em contato com [[email protected]]
