músculo

Muscle é um software amplamente utilizado para fazer múltiplos alinhamentos de sequências biológicas.

Muscle alcança pontuações mais altas nos testes de benchmark Balibase, Bralibase e Balifam e escala para milhares de sequências ou estruturas em um computador desktop comum.

Muscle suporta a geração de um conjunto de alinhamentos alternativos com a mesma alta precisão obtida com parâmetros padrão. Ao comparar previsões a jusante de diferentes alinhamentos, como árvores, um biólogo pode avaliar a robustez das conclusões em relação à variação de alinhamento causada por ambiguidades e erros.

Alinhamento de múltiplas estruturas

O alinhamento da estrutura ("Muscle-3D") é suportado, bem como o alinhamento convencional da sequência de aminoácidos. A entrada para alinhamento da estrutura é um arquivo "mega" gerado pelo comando pdb2mega de reseek (https://github.com/rcedgar/reseek).

 # para até cerca de 100 estruturas
reseek -pdb2mega ESTRUTURAS -output structs.mega
músculo -align structs.mega -output structs.afa

# para até aproximadamente 10.000 estruturas
reseek -convert ESTRUTURAS -bca structs.bca
reseek -pdb2mega structs.bca -output structs.mega
reseek -distmx structs.bca -output structs.distmx
músculo -super7 structs.mega -distmxin structs.distmx -reseek -output structs.afa

Downloads e instalação

Os arquivos binários são independentes, sem dependências. Para instalar, baixe o binário e certifique-se de que o bit de execução esteja definido.

https://github.com/rcedgar/muscle/releases

Documentação

Página inicial do Muscle v5
Manual

Construindo MÚSCULO a partir da fonte

https://github.com/rcedgar/muscle/wiki/Building-MUSCLE

Referências

Edgar RC., Muscle5: Conjuntos de alinhamento de alta precisão permitem avaliações imparciais de homologia e filogenia de sequências. Nature Communications 13.1 (2022): 6968.
https://www.nature.com/articles/s41467-022-34630-w.pdf

Edgar RC. e Tolstoy I., Muscle-3D: alinhamento escalável de estrutura de múltiplas proteínas (2024) BioRxiv .