EasyAmplicon

EasyAmplicon

A versão chinesa em (中文版见) README_cn.md

EasyAmplicon: um pipeline fácil de usar, de código aberto, reproduzível e baseado na comunidade para análise de dados de amplicons em pesquisas de microbiomas

Versão:v1.21

Atualização:2024/08/05

Manual do pipeline e descrição do arquivo

Usando RStudio para abrir o pipeline disponível em chinês (pipeline.sh) e inglês (pipeline_en.sh)

Descrição dos arquivos:

• Leiame.md # Introdução e instalação
• pipeline.sh # Análise de linha de comando para Windows e Linux (disponível em chinês e inglês)
• pipeline_mac.sh # Análise de linha de comando para MacOS
• resultado/ # Exemplo de dados de resultado
• result/Diversity.Rmd # Análise de diversidade interativa em R e saída de relatório reproduzível em formato HTML

O que podemos fazer?

• Análise e visualização de dados de microbioma, especialmente para amplicon 16S rDNA;
• De dados brutos em tabelas de recursos;
• Suporta mais de 20 métodos de análise e visualização pronta para publicação;
• Finalize seu projeto em seu laptop em pouco tempo (aproximadamente 3 horas);
• Manual de materiais de apoio e vídeos em chinês/inglês.

Figura 1. O pipeline do EasyAmplicon para analisar sequências de amplicons emparelhados.

Figura 2. Exemplos de visualizações com qualidade de publicação.

Figura 3. Exemplos complementares de visualizações de qualidade de publicação à Figura 2.

Figura 4. Visualizações geradas por software de terceiros utilizando os arquivos intermediários do EasyAmplicon.

Instalar

Instalar dependência

Todos os backups de software podem ser encontrados em

• FTP: Filezilla visitando FTP download.nmdc.cn de forma anônima. No diretório de ferramentas, você pode encontrar todos os softwares e pacotes do amplicon e diferentes sistemas que suportam tal mac, win
• Disco de rede Baidu: https://pan.baidu.com/s/1Ikd_47HHODOqC3Rcx6eJ6Q?pwd=0315

Instale o software de dependência de acordo com o seu sistema (Win/Mac/Linux).

• R 4.xx é recomendado para executar scripts R https://www.r-project.org/. Também é recomendado que o Rtools seja instalado para pacotes de código-fonte.
• RStudio 2023.xx.x é um ambiente de desenvolvimento integrado para R https://posit.co/download/rstudio-desktop/
• SELO v2.1.3 http://kiwi.cs.dal.ca/Software/STAMP
• Git para Windows 2.xx.x (somente Windows) http://gitforwindows.org/
• Instalação rápida de pacotes R

As estatísticas e a visualização podem exigir > 500 pacotes R. A instalação é demorada e também pode depender de outras ferramentas de compilação. Você pode baixar todos os pacotes R necessários em https://pan.baidu.com/s/1Ikd_47HHODOqC3Rcx6eJ6Q?pwd=0315 db/win/4.x.zip ou db/mac/R4.2_mac_libraryX86_64.zip, descompacte e pegue o Pasta 4.x em C:Users[$UserName]AppDataLocalRwin-library

Instale o EasyAmplicon

• Método 1. Visite a página inicial do GitHub, Código – Download

• Pipeline EasyAmplicon (controle positivo) https://github.com/YongxinLiu/EasyAmplicon

• EasyMicrobiome inclui scripts e bancos de dados https://github.com/YongxinLiu/EasyMicrobiome

Baixe o projeto em C: ou D: e descompacte (mantenha o nome do diretório exatamente o nome do software)

• Método 2. Baixe pelo site espelho no BaiduNetDisk: https://pan.baidu.com/s/1Ikd_47HHODOqC3Rcx6eJ6Q?pwd=0315 db/soft/EasyAmplicon.tar.gz ou EasyMicrobiome.tar.gz

• Método 3. git clone https://github.com/YongxinLiu/EasyAmplicon e git clone https://github.com/YongxinLiu/EasyMicrobiome . Nota: fatal: unable to access pode tentar novamente.

Início rápido

Usando o Windows 10+ como exemplo:

1. Abra o RStudio e defina o terminal como Git Bash (Ferramentas - Opções Globais - Terminal - Novos terminais - Git Bash - OK)
2. Arquivo - Abrir arquivo - pasta EasyAmplicon - pipeline.sh (windows/linux) ou pipeline_mac.sh (mac)
3. Configure o work directory (wd) e EasyMicrobiome directory (db) e execute cada linha clicando em executar no canto superior direito

Conjunto de dados de exemplo

• seq/ # sequenciamento bruto em formato fastq compactado, o backup pode ser baixado por metadados do GSA https://ngdc.cncb.ac.cn/gsa/
• resultado/ # Exemplos de dados e números para pipeline padrão, como alfa, beta, imposto
• avançado/ # Exemplo de análise avançada, incluindo dados, scripts e valores de saída

Perguntas frequentes

Perguntas frequentes em pipeline.sh

Nota: Todo o script .sh é escrito em formato markdown, usando Youdao Note ou VSCode para uma melhor experiência de leitura.

Citação

Se usar este script, cite:

Yong-Xin Liu , Lei Chen, Tengfei Ma, Xiaofang Li, Maosheng Zheng, Xin Zhou, Liang Chen, Xubo Qian, Jiao Xi, Hongye Lu, Huiluo Cao, Xiaoya Ma, Bian Bian, Pengfan Zhang, Jiqiu Wu, Ren-You Gan, Baolei Jia, Linyang Sun, Zhicheng Ju, Yunyun Gao, Tao Wen , Tong Chen . 2023. EasyAmplicon: Um pipeline fácil de usar, de código aberto, reproduzível e baseado na comunidade para análise de dados de amplicons em pesquisas de microbiomas. iMeta2 : e83. https://doi.org/10.1002/imt2.83

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