elastício

Bem-vindo ao elastix: uma caixa de ferramentas para registro rígido e não rígido de imagens.

elastix é um software de código aberto, baseado no conhecido Insight Segmentation and Registration Toolkit (ITK). O software consiste em uma coleção de algoritmos que são comumente usados ​​para realizar o registro de imagens (médicas): a tarefa de encontrar uma transformação espacial, mapeando uma imagem (a imagem fixa ) para outra (a imagem em movimento ), otimizando métricas de similaridade de imagem relevantes. . O design modular do elastix permite ao usuário configurar, testar e comparar rapidamente diferentes métodos de registro para uma aplicação específica. Uma interface de linha de comando permite o processamento automatizado de um grande número de conjuntos de dados, por meio de scripts. Hoje em dia o elastix é acompanhado pelo ITKElastix disponibilizando-o em Python (no Pypi) e pelo SimpleElastix disponibilizando-o em linguagens como C++, Python, Java, R, Ruby, C# e Lua. Uma imagem docker da versão mais recente do elastix também está disponível no dockerhub. Existem vários plugins para quem deseja utilizar a funcionalidade do elastix em uma interface gráfica de usuário, entre outros um plugin napari e um 3Dslicer.

Autores

Os principais desenvolvedores do elastix são Stefan Klein e Marius Staring. Este software foi inicialmente desenvolvido no Image Sciences Institute, sob supervisão de Josien PW Pluim. Hoje, muitos contribuíram para o elastix.

Se você usar este software em qualquer lugar, agradeceríamos se você citasse os seguintes artigos:

• S. Klein, M. Staring, K. Murphy, MA Viergever, JPW Pluim, "elastix: uma caixa de ferramentas para registro de imagens médicas com base em intensidade", IEEE Transactions on Medical Imaging, vol. 29, não. 1, pp. 196 - 205, janeiro de 2010. baixar doi
• DP Shamonin, EE Bron, BPF Lelieveldt, M. Smits, S. Klein e M. Staring, "Registro rápido de imagem paralela em CPU e GPU para classificação diagnóstica da doença de Alzheimer", Frontiers in Neuroinformatics, vol. 7, não. 50, pp. 1-15, janeiro de 2014. baixar doi

Componentes específicos do elastix são fabricados por muitos; A citação relevante pode ser encontrada aqui. Além disso, você pode usar os identificadores elastix DOI do Zenodo para se referir a versões de software específicas: https://zenodo.org/doi/10.5281/zenodo.13366181

Mais informações

Mais informações, incluindo um extenso manual e um modelo de zoológico, podem ser encontradas no wiki

Tutoriais interativos estão disponíveis em notebooks Jupyter.

Você também pode se inscrever na lista de discussão para perguntas. Informações sobre como contribuir para elastix podem ser encontradas aqui.