ArchR

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ArchR tem novos recursos disponíveis para análise scATAC-seq

Análise emparelhada de scATAC-seq e scRNA-seq

ArchR agora suporta análise emparelhada de scATAC-seq e scRNA-seq!
Veja atualizações com importFeatureMatrix, addGeneExpressionMatrix, addIterativeLSI, addCombinedDims
Para um breve tutorial desses recursos: https://greenleaflab.github.io/ArchR_2020/Ex-Analyze-Multiome.html

Análise de Trajetória

ArchR agora suporta diretamente análise de trajetória baseada em monocle3 e Slingshot!
Veja atualizações com getMonocleTrajectories, addMonocleTrajectory, addSlingShotTrajectories
Para um breve tutorial desses recursos: https://greenleaflab.github.io/ArchR_2020/Ex-Analyze-Trajectory.html

Além disso, o ArchR agora permite a exportação de uma matriz de pico compatível com STREAM!
Veja atualizações com exportPeakMatrixForSTREAM

ArchR está atualmente em versão beta e estará em desenvolvimento ativo através do processo de revisão por pares.

ArchR é um pacote R completo para processamento e análise de dados ATAC-seq de célula única. ArchR fornece o conjunto mais extenso de ferramentas de análise scATAC-seq de qualquer software disponível. Além disso, o ArchR se destaca tanto em velocidade quanto no uso de recursos, tornando possível analisar 1 milhão de células em 8 horas em um laptop MacBook Pro.

Para obter instruções de instalação e documentação completa, visite www.ArchRProject.com.

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Instalação rápida do ArchR

Para um passo a passo completo da instalação e problemas frequentemente relacionados, visite www.ArchRProject.com.

Primeiro, instale o devtools (para instalar pacotes do GitHub) se ainda não estiver instalado:

 if ( ! requireNamespace( " devtools " , quietly = TRUE )) install.packages( " devtools " )

Em seguida, instale o BiocManager (para instalar pacotes de biocondutores) se ainda não estiver instalado:

 if ( ! requireNamespace( " BiocManager " , quietly = TRUE )) install.packages( " BiocManager " )

Em seguida, instale o ArchR:

 devtools :: install_github( " GreenleafLab/ArchR " , ref = " master " , repos = BiocManager :: repositories())

Por último, instale todas as dependências do ArchR que não estão instaladas por padrão:

library( ArchR )
ArchR :: installExtraPackages()

Se alguma dessas etapas falhar, você deverá identificar o pacote incorreto e solucionar o problema dessa instalação individual antes de continuar. Além disso, consulte o site do ArchR (www.ArchRProject.com), onde temos dicas para solução de problemas de instalação.

Problemas ao usar o ArchR?

ArchR está atualmente em beta . Esperamos que haja obstáculos no caminho. Se você acha que encontrou um bug, primeiro instale a versão mais recente do ArchR via

 devtools :: install_github( " GreenleafLab/ArchR " , ref = " master " , repos = BiocManager :: repositories())

Se isso não resolver o seu problema, relate um problema no Github com o formulário de relatório de bug .

Se você tiver dúvidas sobre o uso do ArchR, consulte o manual do usuário completo pesquisável, a seção FAQ e a publicação. Se você acha que a documentação neste site ou nas anotações da função não está clara, envie um problema no Github com o formulário de solicitação de documentação . Se houver um recurso que você acha que está faltando no ArchR e você já pesquisou o manual do usuário , envie um problema no Github com o formulário de solicitação de recurso . Se nenhuma dessas opções ajudar, envie-nos um email. Faremos o nosso melhor para responder a perguntas que não são respondidas de outra forma na documentação.