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JCVI: um kit de ferramentas versátil para análise genômica comparativa

Coleção de bibliotecas Python para analisar arquivos de bioinformática ou realizar cálculos relacionados à montagem, anotação e genômica comparativa.


Autores	Haibao Tang (tanghaibao)
	Vivek Krishnakumar (vivekkrish)
	Xingtan Zhang (tangerzhang)
	Ganhou Cheol Yim (wyim-pgl)
E-mail	[email protected]
Licença	BSD

Como citar

Dica

JCVI agora está publicado no iMeta!

Tang et al. (2024) JCVI: Um kit de ferramentas versátil para análise genômica comparativa. iMeta

Conteúdo

Os módulos a seguir estão disponíveis como métodos genéricos de manuseio de Bioinformática.

algoritmos
- Solucionador de programação linear com SCIP e GLPK.
- Supermapa: encontre um conjunto de âncoras não sobrepostas na saída do BLAST ou NUCMER.
- Subsequência crescente mais longa ou mais pesada.
- Operações matriciais.
aplicativos
- Acesso entrez GenBank, Phytozome, Ensembl e downloader SRA.
- Calcule a taxa de substituição (não) sinônima entre pares de genes.
- Construção básica de árvore filogenética usando PHYLIP, PhyML ou RAxML e viualização.
- Envoltório para BLAST+, LASTZ, LAST, BWA, BOWTIE2, CLC, CDHIT, CAP3, etc.
formatos
Atualmente suporta formato .ace (phrap, cap3, etc.), .agp (goldenpath), formato .bed , saída .blast , formato .btab , formato .coords (saída nucmer ), formato .fasta , formato .fastq , .fpc formato, formato .gff , formato obo (ontologia), formato .psl (UCSC blat, GMAP, etc.), formato .posmap (saída do Celera assembler), formato .sam (mapeamento de leitura), formato .contig (formato de montagem TIGR) , etc.
gráficos
- Gráfico de pontos BLAST ou synteny.
- Histograma usando arte R e ASCII.
- Pinte regiões no conjunto de cromossomos.
- Gráficos de macro-sintenia e micro-sintenia.
utilitários
- Grouper pode ser usado como estrutura de dados de conjunto disjunto.
- range contém operações de intervalo comuns, como sobreposição e encadeamento.
- Receitas diversas de livros de receitas, decoradores iteradores, utilitários de mesa.

Depois, há módulos que contêm métodos específicos de domínio.

conjunto
- Análise do histograma K-mer.
- Preparação e validação de caminho de ladrilho para montagens baseadas em clones.
- Scaffolding através de ALLMAPS, mapa óptico e mapa genético.
- Procedimentos de controle de qualidade pré-montagem e pós-montagem.
anotação
- Treinamento de preditores genéticos ab initio .
- Calcule estatísticas de genes, éxons e íntrons.
- Wrapper para PASA e EVM.
- Inicie vários processos MAKER.
comparar
- Filtro BLAST baseado em pontuação C.
- Synteny scan (de-novo) e lift over (encontre âncoras próximas).
- Reconstrução do genoma ancestral utilizando os métodos de Sankoff e PAR.
- Localizador de duplicatas de genes ortólogos e tandem.

Aplicativos

Visite o wiki para aplicativos completos.

Dependências

A seguir está uma lista de pacotes python de terceiros que são usados por algumas rotinas na biblioteca. Essas dependências não são obrigatórias, pois são utilizadas apenas por alguns módulos.

Biopíton
entorpecido
matplotlib

Existem outros módulos Python aqui e ali em vários scripts. A melhor maneira é instalá-los via pip install quando você vir ImportError .

Instalação

A maneira mais fácil é instalá-lo via PyPI:

 pip install jcvi

Para instalar a versão de desenvolvimento:

 pip install git+git://github.com/tanghaibao/jcvi.git

Alternativamente, se você deseja instalar manualmente:

 cd ~/code  # or any directory of your choice
git clone git://github.com/tanghaibao/jcvi.git
pip install -e .

Além disso, alguns módulos podem solicitar localizações de programas externos, se o estendido não puder ser encontrado em seu PATH . Os programas externos frequentemente usados são:

Ferramentas Kent
FERRAMENTAS DE CAMA
GRAVAR

A maioria dos scripts deste pacote contém múltiplas ações. Para usar o exemplo fasta :

 Usage:
    python -m jcvi.formats.fasta ACTION


Available ACTIONs:
          clean | Remove irregular chars in FASTA seqs
           diff | Check if two fasta records contain same information
        extract | Given fasta file and seq id, retrieve the sequence in fasta format
          fastq | Combine fasta and qual to create fastq file
         filter | Filter the records by size
         format | Trim accession id to the first space or switch id based on 2-column mapping file
        fromtab | Convert 2-column sequence file to FASTA format
           gaps | Print out a list of gap sizes within sequences
             gc | Plot G+C content distribution
      identical | Given 2 fasta files, find all exactly identical records
            ids | Generate a list of headers
           info | Run `sequence_info` on fasta files
          ispcr | Reformat paired primers into isPcr query format
           join | Concatenate a list of seqs and add gaps in between
     longestorf | Find longest orf for CDS fasta
           pair | Sort paired reads to .pairs, rest to .fragments
    pairinplace | Starting from fragment.fasta, find if adjacent records can form pairs
           pool | Pool a bunch of fastafiles together and add prefix
           qual | Generate dummy .qual file based on FASTA file
         random | Randomly take some records
         sequin | Generate a gapped fasta file for sequin submission
       simulate | Simulate random fasta file for testing
           some | Include or exclude a list of records (also performs on .qual file if available)
           sort | Sort the records by IDs, sizes, etc.
        summary | Report the real no of bases and N's in fasta files
           tidy | Normalize gap sizes and remove small components in fasta
      translate | Translate CDS to proteins
           trim | Given a cross_match screened fasta, trim the sequence
      trimsplit | Split sequences at lower-cased letters
           uniq | Remove records that are the same