Este repositório apresenta um fluxo de trabalho computacional para calcular e caracterizar todos os iModulons para um organismo selecionado. Isso ocorre em cinco etapas:
iModulons são grupos de genes modulados de forma independente que são computados por meio de Análise de Componentes Independentes (ICA) de um conjunto de dados de expressão gênica. Para saber mais sobre iModulons ou explorar iModulons publicados, visite iModulonDB ou consulte nossas publicações sobre Escherichia coli , Staphylococcus aureus ou Bacillus subtilis .
Aqui, apresentamos o conceito de Módulome para um organismo, que é o conjunto de todos os iModulons que podem ser computados para o organismo com base em dados de RNA-seq disponíveis publicamente. O pipeline computacional fornece um fluxo de trabalho passo a passo para calcular o Módulo para Bacillus subtilis .
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Para começar, instale o Docker e o Nextflow.
Você também pode executar cada programa localmente, com todos os requisitos listados no arquivo conda environment.yml . Para a Etapa 5 (iModulons caracterizados), instale adicionalmente o pymodulon.
Por favor, cite o seguinte artigo: iModulonMiner e PyModulon: Software para mineração não supervisionada de compêndios de expressão genética
