pbbam

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A partir da versão 3.0 da análise SMRT, a PacBio está adotando o formato BAM padrão da indústria para arquivos de dados de chamada de base (alinhados e não alinhados). Também formulamos um formato de arquivo complementar BAM (bam.pbi) que permite acesso rápido a um conjunto mais rico de informações por leitura, bem como compatibilidade com software desenvolvido em torno do formato legado cmp.h5.

O pacote de software pbbam fornece componentes para criar, consultar e editar arquivos PacBio BAM e índices associados. Esses componentes incluem uma biblioteca central C++, ligações para linguagens adicionais e utilitários de linha de comando.

Disponibilidade

pbbam mais recente pode ser instalado através do pacote bioconda pbbam .

Consulte nossa página oficial do pbbioconda para obter informações sobre instalação, suporte, licença, direitos autorais e isenção de responsabilidade.

Observação:

Esta biblioteca não se destina a ser usada como um utilitário BAM de uso geral - todos os BAMs de entrada e saída devem aderir à especificação de formato PacBio BAM. BAMs não-PacBio causarão o lançamento de exceções.

Documentação

• Página inicial da documentação

  • Começando
  • Referência da API C++

• Registro de alterações

Perguntas frequentes

Ajuda! Estou recebendo uma "combinação química de sequenciamento não suportada"!

O pbbam valida todos os arquivos BAM e, como parte dessa validação, verifica se as variáveis BindingKit e SequencingKit em cada ReadGroup do arquivo BAM fornecido são conhecidas. Como parte dos desenvolvimentos químicos contínuos, poderemos precisar introduzir novos números de peças para identificar novos reagentes e/ou células SMRT. É improvável que você encontre esses problemas ao usar o SMRT Link, pois ele possui um atualizador automático integrado que verifica periodicamente e instala automaticamente novos produtos químicos. Todas as ferramentas PacBio usadas sem a instalação adequada do SMRT Link exigirão intervenção manual para baixar novos produtos químicos:

 cd < some persistent dir >
export SMRT_CHEMISTRY_BUNDLE_DIR= " ${PWD} "

wget https://raw.githubusercontent.com/PacificBiosciences/pbcore/develop/pbcore/chemistry/resources/mapping.xml -O chemistry.xml

Isso fará com que o pbbam tente carregar o chemistry.xml fora de banda de SMRT_CHEMISTRY_BUNDLE_DIR e deverá permitir que você use software um pouco mais antigo com BAMs um pouco mais recentes. Nota: isso permite apenas que a validação interna do pbbam seja aprovada, o que não fará automaticamente com que outros softwares dependentes de química funcionem com produtos químicos mais recentes. Por exemplo, o backend de Arrow (Unanimidade) também está parametrizado na química e irá falhar caso uma química completamente nova seja introduzida. Consulte as perguntas frequentes do Unanimity sobre como empregar SMRT_CHEMISTRY_BUNDLE_DIR para carregar modelos para novos produtos químicos.

Licença

• Licença de código aberto PacBio

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