célula2tcr

Cell2TCR é uma ferramenta para inferência de motivos de receptor de células T (TCR). Um motivo TCR descreve um grupo de TCRs com similaridade de sequência suficiente para provavelmente reconhecer um epítopo comum.

Começando

Veja exemplo de uso em cell2tcr.ipynb.

Instalação

1. Crie um novo ambiente conda

 conda create --name cell2tcr_env python=3.10
conda activate cell2tcr_env

2. Instale Cell2TCR do Github

git clone https://github.com/Teichlab/cell2tcr.git
cd cell2tcr
pip install .

3. Opcional: adicione kernel para uso em notebooks Jupyter

 python -m ipykernel install --user --name cell2tcr_env

O desafio humano do SARS-CoV-2 revela a dinâmica da resposta local e sistêmica

Publicado na Natureza 19.06.2024

Rik GH Lindeboom*, Kaylee B. Worlock*, Lisa M. Dratva, Masahiro Yoshida, David Scobie, Helen R. Wagstaffe, Laura Richardson, Anna Wilbrey-Clark, Josephine L. Barnes, Lorenz Kretschmer, Krzysztof Polanski, Jessica Allen-Hyttinen , Puja Mehta, Dinithi Sumanaweera, Jacqueline M. Boccacino, Waradon Sungnak, Rasa Elmentaite, Ni Huang, Lira Mamanova, Rakesh Kapuge, Liam Bolt, Elena Prigmore, Ben Killingley, Mariya Kalinova, Maria Mayer, Alison Boyers, Alex Mann, Leo Swadling , Maximillian NJ Woodall, Samuel Ellis, Claire M. Smith, Vitor H. Teixeira, Sam M. Janes, Rachel C. Chambers, Muzlifah Haniffa, Andrew Catchpole, Robert Heyderman, Mahdad Noursadeghi, Benny Chain, Andreas Mayer, Kerstin B. Meyer , Christopher Chiu, Marko Z. Nikolić† e Sarah A. Teichmann†