AAV

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Última atualização: 03/05/2024

Isenção de responsabilidade

ESTE REPOSITÓRIO ESTÁ OBSOLETO E NÃO SERÁ MAIS MANTIDO

Este era um repositório pessoal para analisar dados de sequenciamento de AAV de leitura longa do PacBio. O código-fonte aberto agora está sendo mantido e desenvolvido no repositório LAAVA da FormBio. Visite LAAVA para obter a base de código mais recente! Obrigado!

Pré-requisitos

• Pitão 3.7
• R

Bibliotecas Python necessárias:

• pysam

Pacotes R necessários:

• ggplot2
• dplyr
• grade
• gradeExtra

Instalação

Você pode baixar/clonar diretamente o repositório para usar os scripts diretamente.

 $ git clone https://github.com/Magdoll/AAV.git

Você pode instalar as dependências sozinho ou usar uma das seguintes opções baseadas em conda.

Opção 1: Use Conda e instale os pré-requisitos individualmente

 conda install -c bioconda pysam
conda install -c r ggplot2
conda install -c r dpylr
conda install -c r grid
conda install -c r gridExtra

Opção 2: Use Conda com yml

Suponha que você tenha o anaconda instalado e o binário esteja em $HOME/anaCogentPy37/bin . Você adicionaria o binário $PATH e criaria um novo ambiente conda chamado AAV.env .

 $ export PATH=$HOME/anaCogentPy37/bin:$PATH
$ conda env create -f AAV.conda_env.yml
$ source activate AAV.env

Neste ponto, o prompt deve mudar para (AAV.env) $

Uso

Por favor, leia o tutorial do AAV