tombo
Minor Optimizations and Bug
Temos um novo recurso de bioinformática que substitui a funcionalidade deste projeto! Veja nosso novo repositório aqui: remora.
Este repositório agora não é compatível e não recomendamos seu uso. Entre em contato com Oxford Nanopore: [email protected] para obter ajuda com sua aplicação, caso não seja possível atualizar.
Tombo é um conjunto de ferramentas principalmente para a identificação de nucleotídeos modificados a partir de dados de sequenciamento de nanoporos. Tombo também fornece ferramentas para análise e visualização de sinal bruto de nanoporos.
A documentação detalhada para todos os comandos e algoritmos do Tombo pode ser encontrada na página de documentação do Tombo.
Instalação Conda (método preferido)
# instale via ambiente bioconda (https://bioconda.github.io/#set-up-channels) conda install -c bioconda ont-tombo
O primeiro passo em qualquer análise do Tombo é re-ondular (sinal bruto para referenciar o alinhamento da sequência) leituras brutas de nanoporos. Isso cria um índice e armazena os alinhamentos de sinais brutos necessários para realizar análises downstream.
Neste exemplo, uma amostra de E. coli é testada para metilação de dam e dcm (modelo CpG também disponível para análise humana). Usando esses resultados, o sinal bruto é plotado nas posições dcm modificadas de forma mais significativa e as previsões de base modificadas da barragem são enviadas para um arquivo de manobra para uso no processamento downstream ou visualização em um navegador de genoma.
tombo requiggle path/to/fast5s/ genoma.fasta --processes 4 --num-most-common-errors 5
tombo detect_modifications alternativa_model --fast5-basedirs caminho/para/fast5s/
--statistics-file-basename nativo.e_coli_sample
--bases alternativas barragem dcm --processos 4
# plota o sinal bruto nos locais dcm mais significativos
gráfico tombo most_significant --fast5-basedirs caminho/para/fast5s/
--statistics-filename nativo.e_coli_sample.dcm.tombo.stats
--plot-modelo padrão --plot-modelo alternativo dcm
--pdf-nome do arquivo amostra.most_significant_dcm_sites.pdf
# produz arquivo wig com fração estimada de leituras modificadas em cada site de referência válido
tombo text_output browser_files --statistics-filename nativo.e_coli_sample.dam.tombo.stats
--file-types amortecido_fração --browser-file-basename nativo.e_coli_sample.dam
# também produz arquivo de cobertura de leituras processadas com sucesso para referência
tombo text_output browser_files --fast5-basedirs caminho/para/fast5s/
--file-types cobertura --browser-file-basename nativo.e_coli_sample
Embora modelos de motivos ( CpG , dcm e dam ; mais precisos) e modelos de base alternativos específicos para todos os contextos ( 5mC e 6mA ; mais precisos) sejam preferidos, o Tombo também permite que os usuários investiguem outras modificações de base ou mesmo desconhecidas.
Aqui estão dois comandos de exemplo executando o método de_novo (detecta desvios dos níveis de sinal canônicos esperados) e o método level_sample_compare (detecta desvio nos níveis de sinal entre duas amostras de interesse; funciona melhor com alta cobertura).
tombo detect_modifications de_novo --fast5-basedirs caminho/para/fast5s/
--statistics-file-basename sample.de_novo_detect --processes 4
tombo text_output browser_files --statistics-filename sample.de_novo_detect.tombo.stats
--browser-file-basename sample.de_novo_detect --file-types amortecido_fração
tombo detect_modifications level_sample_compare --fast5-basedirs caminho/para/fast5s/
--control-fast5-basedirs caminho/para/control/fast5s/ --minimum-test-reads 50
--processes 4 --statistics-file-basename sample.level_samp_comp_detect
tombo text_output browser_files --statistics-filename sample.level_samp_comp_detect.tombo.stats
--browser-file-basename sample.level_samp_comp_detect --estatística de tipos de arquivos
Veja tutoriais mais completos na página de documentação.
O Tombo está disponível para instalação via pip, mas requer uma instalação R, bem como dependências de pacote R (ggplot2 e gridextra) para todas as funções de visualização.
# instala o pacote pip (instalação numpy necessária antes do tombo para otimização do cython) pip instalar numpy pip instalar ont-tombo[completo]
O Tombo também pode ser instalado diretamente do código-fonte (principalmente para desenvolvimento) executando os seguintes comandos:
clone do git https://github.com/nanoporetech/tombo CD tombo pip instalar -e.
Tombo não suporta arquivos de dados de leitura multi-leitura no formato FAST5. Por favor, use o comando multi_to_single_fast5 do pacote ont_fast5_api para converter para o formato FAST5 de leitura única antes de processar com o Tombo.
© 2017-18 Oxford Nanopore Technologies Ltd.
Tombo é distribuído sob os termos da licença MPL2 incluída.
Stoiber, MH et al. Identificação de novo de modificações de DNA possibilitadas pelo processamento de sinal de nanoporos guiado pelo genoma. bioRxiv (2016).
http://biorxiv.org/content/early/2017/04/10/094672
