partis

partido

Partis é uma estrutura baseada em HMM para anotação de sequências de receptores de células B e T, simulação, família clonal e inferência de linha germinativa e previsão de afinidade. Ele é construído sobre o compilador ham HMM e o conjunto ig-sw de ferramentas de anotação Smith-Waterman. Partis é um software livre sob a GPL v3.

Os vários componentes são descritos nos artigos a seguir. Como eles fazem coisas bem diferentes, é melhor citar os artigos específicos que descrevem os componentes que você está usando.

• Agrupamento emparelhado Ralph, DK, & Matsen IV, FA (2022). Inferência de famílias clonais de células B usando informações de emparelhamento de cadeia pesada/leve. Biologia Computacional PLoS, 18(11), e1010723.
• Métricas de seleção Ralph, DK, & Matsen IV, FA (2020). Usando estruturas de linhagem de receptores de células B para prever a afinidade. Biologia Computacional PLoS, 16(11), e1008391.
• Inferência da linha germinativa Ralph, DK, & Matsen IV, FA (2019). Inferência da linha germinativa de imunoglobulina por amostra [...]. Biologia Computacional PLoS, 15(7), e1007133.
• Inferência de família clonal Ralph, DK, & Matsen IV, FA (2016). Inferência baseada em probabilidade de famílias clonais de células B. Biologia Computacional PLoS, 12(10), e1005086.
• Estrutura HMM e anotação BCR Ralph, DK, & Matsen IV, FA (2016). A consistência de [...] permite anotação precisa da sequência do receptor de células B. Biologia Computacional PLoS, 12(1), e1004409.

O melhor lugar para começar a ler o manual é no início rápido ou no índice. Detalhes sobre as muitas opções não documentadas podem ser encontrados executando a ajuda de cada subcomando, por exemplo partis cache-parameters --help ou partis simulate --help .

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