STRS

Sequenciamento Espacial Total de RNA: STRS

Conjunto de fluxos de trabalho moleculares e computacionais para sequenciamento espacial total de RNA (STRS)

Este repositório contém todos os protocolos, pipelines e scripts que você precisa para executar e analisar STRS em quase qualquer amostra!

Confira txg_snake , um pipeline de trabalho em andamento para bibliotecas 10x, especialmente conjuntos de dados STRS!

Links do manuscrito:

• McKellar et al, Nature Biotechnology , 2022

• Link de pré-impressão bioRxiv

Descrições de subdiretórios:

• manuscripts : arquivos .pdf da pré-impressão e do manuscrito subsequente (espero!)

• protocols : documentos Microsoft Word e .pdf dos protocolos usados ​​aqui

• pipelines : fluxos de trabalho Snakemake usados ​​em nosso estudo. Isso inclui pipelines de alinhamento para dados STRS (kallisto, STARsolo e miRge3.0), pequenos dados RNAseq (STAR ​​e miRge3.0), SmartSeqTotal (kallisto) e VASAdrop (kallisto)

• scripts : Todos os outros códigos que usamos! Contém principalmente scripts R e funções utilitárias usadas em nossas análises espaciais.

• references : informações e scripts sobre genomas de referência e anotações usadas neste estudo

• resources : metadados variados, listas de genes e outras informações que usamos para analisar nossos dados, consulte os arquivos README em cada subdiretório para obter mais detalhes

Dados gerados para este artigo:

• Conjuntos de dados STRS: GSE200481

• Dados SkM/coração pequenos RNAseq: GSE200480

• dados de RNAseq total de núcleo único (linha celular C2C12): GSE209780

Dados adicionais analisados:

• Dados do Small RNA Atlas (Isakova et al, PNAS , 2020): GSE119661

• Dados SmartSeqTotal (Isakova et al, PNAS , 2021): GSE151334

• Dados VASAdrop (Salmen et al, Nature Biotechnology , 2022): GSE176588

Contato:

• Iwijn De Vlaminck ([email protected])

• Benjamin D. Cosgrove ([email protected])

• David W. McKellar ([email protected])