RagTag

Rag Tag

RagTag é uma coleção de ferramentas de software para estruturar e melhorar montagens de genoma modernas. As tarefas incluem:

• Correção de montagem incorreta baseada em homologia
• Andaimes e patches de montagem baseados em homologia
• Fusão de andaime

RagTag também fornece utilitários de linha de comando para trabalhar com formatos comuns de arquivo de montagem de genoma.

Começando

 # install with conda
conda install -c bioconda ragtag

# correct a query assembly
ragtag.py correct ref.fasta query.fasta

# scaffold a query assembly
ragtag.py scaffold ref.fasta query.fasta

# scaffold with multiple references/maps
ragtag.py scaffold -o out_1 ref1.fasta query.fasta
ragtag.py scaffold -o out_2 ref2.fasta query.fasta
ragtag.py merge query.fasta out_ * / * .agp other.map.agp

# use Hi-C to resolve conflicts
ragtag.py merge -b hic.bam query.fasta out_ * / * .agp other.map.agp

# make joins and fill gaps in target.fa using sequences from query.fa
ragtag.py patch target.fa query.fa

Documentos

Por favor, consulte o Wiki para documentação detalhada.

Dependências

• Minimapa2, Unimap ou Nucmer
• Python 3 (com os seguintes pacotes instalados automaticamente)
  • entorpecido
  • árvore de intervalo
  • pysam
  • redex

Citação

• Alonge, Michael, et al. "Andaimes de montagem automatizados elevam um novo sistema de tomate para edição de genoma de alto rendimento." Biologia do Genoma (2022).
  https://doi.org/10.1186/s13059-022-02823-7

RagTag substitui RaGOO:

• Alonge, Michael, et al. "RaGOO: estrutura rápida e precisa de rascunhos de genomas guiada por referência." Biologia do genoma 20.1 (2019): 1-17.
  https://doi.org/10.1186/s13059-019-1829-6

Agradecimentos

Muitas das principais melhorias algorítmicas relativas ao primeiro lançamento do RaGOO foram fornecidas por Aleksey Zimin, desenvolvedor líder do montador MaSuRCA. Luca Venturini sugeriu e inicialmente implementou muitas melhorias de recursos, como a integração pysam. A "mesclagem" do RagTag foi inspirada no CAMSA. O desenvolvedor do CAMSA, Sergey Aganezov, ajudou a revisar o código RagTag relevante. O "patch" RagTag foi inspirado em Grafter, uma ferramenta de andaime escrita por Melanie Kirsche. Melanie forneceu orientação para a implementação do RagTag. Michael Schatz forneceu orientação para todo o projeto.