meryl

Meryl

Este é 'meryl', uma reescrita quase total de 'meryl' que apareceu tanto no projeto kmer quanto no Celera Assembler.

IMPORTANTE : Obtenha o código meryl mais recente deste repositório. Isso não é compatível com o antigo meryl dbs criado a partir do canu 1.8 ou anterior. O novo meryl é significativamente mais rápido que a versão anterior.

meryl dbs não está mais nos formatos de arquivo .mcdat e .mcidx . Meryl db agora foi projetado como um DIRETÓRIO, contendo 64 binários + 64 índices (128 arquivos).

Dependência

• gcc 10.2.0 ou superior

Instalação

• Versão de lançamento: baixe uma versão de lançamento estável

 # Exemplo para Linux-amd64wget https://github.com/marbl/meryl/releases/download/v1.4.1/meryl-1.4.1.Linux-amd64.tar.xz
tar -xJf meryl-1.4.1.Linux-amd64.tar.xzexport PATH=/caminho/para/meryl-1.4.1/bin:$PATH

• Dica experimental (use git 2.25.1 ou superior):

 clone do git https://github.com/marbl/meryl.git# buildcd meryl/src
make -j 24export PATH=/caminho/para/meryl/*/bin:$PATH

Avalie montagens com k-mers e muito mais

Veja Merqury.

Citando Meryl

Não queríamos sofrer o mundo com mais um papel de contagem de k-mer, então colocamos meryl nos métodos merqury:

Rhie, A., Walenz, BP, Koren, S. et al. Merqury: qualidade sem referência, integridade e avaliação de fases para montagens de genoma. Genoma Biol 21, 245 (2020). https://doi.org/10.1186/s13059-020-02134-9