fatia_dobra
Este é o código personalizado de Yi Jiang para pticografia de raios X/eletrônicos e tomografia/laminografia.
O pacote é baseado no código Matlab desenvolvido pela Science IT e pelos grupos coerentes de espalhamento de raios X (CXS) do Paul Scherrer Institut, Suíça: https://www.psi.ch/en/sls/csaxs/software. Questões de direitos autorais e licença devem seguir os acordos (veja abaixo) e/ou consultar seu site.
Comece
Verifique a documentação oficial do pacote PtychoShelves para ver seus requisitos. Você precisa da seguinte caixa de ferramentas Matlab para usar todos os recursos: computação paralela, ajuste de curva, processamento de imagem, otimização e processamento de sinal.
Para ptychography, experimente os scripts de preparação e reconstrução de dados em /fold_slice/ptycho/examples para se familiarizar com o formato dos dados e os parâmetros de reconstrução.
Recursos
- Um foldsliceGPT personalizado que serve como assistente de IA em raios-X e pticografia eletrônica. Ele pode ajudar os usuários em diversas tarefas, como projetar experimentos e preparar scripts de reconstrução.
- fold_slice pode ser usado em nosso novo fluxo de trabalho baseado em LLM (PEAR). Sinta-se à vontade para entrar em contato comigo se quiser ser um testador alfa.
- Os arquivos em /fold_slice/ptycho/notes/ podem ajudá-lo a entender a estrutura geral do código. Aviso: algumas notas podem estar desatualizadas.
- Chia-Hao Lee escreveu um ótimo blog que detalha os algoritmos e a estrutura do código do PtychoShelves.
- Temos um grupo de estudo semanal para discutir novas técnicas de imagem computacional em microscopia eletrônica. Algumas palestras tutoriais podem ser encontradas aqui.
Principais diferenças do pacote PtychoShelves
Algumas convenções de E/S de dados e reconstrução foram alteradas para acomodar a pticografia eletrônica. Consulte os scripts de exemplo para obter mais detalhes.
Um algoritmo modificado de pticografia multi-slice de máxima verossimilhança de mínimos quadrados é adicionado como um novo mecanismo: GPU_MS
É baseado no mecanismo GPU (escrito por Michal Odstrcil) com melhorias como vários modos de investigação e correções de bugs. O uso do código deve incluir citações adicionais:
Z. Chen, Y. Jiang, Y. Shao, ME Holtz, M. Odstrčil, M. Guizar-Sicairos, I. Hanke, S. Ganschow, DG Schlom, DA Muller, A pticografia eletrônica atinge limites de resolução atômica definidos por vibrações de rede . Ciência 372 (6544), 826-831.
Desenvolvemos um fluxo de trabalho de ajuste automático de parâmetros para pticografia usando otimização bayesiana com processos gaussianos: https://doi.org/10.1038/s41598-022-16041-5. Consulte os scripts de exemplo para obter mais detalhes.
Uma lista não exaustiva de novos recursos nos motores GPU e GPU_MS:
| Características | GPU | GPU_MS |
|---|
| Estados mistos + pticografia multislice | ✖️ | ✔️ |
| Reconstrução multislice dinâmica | ✖️ | ✔️ |
| Pticografia avançada de varredura com caminho arbitrário | ✔️ | ✖️ |
| Reconstrução multi-scan | ✔️ | ✔️ |
| Regularização de TV na fase de objeto | ✔️ | ✔️ |
| Remoção de artefato de grade | ✔️ | ✖️ |
| Seleção automática de parâmetros | ✔️ | ✔️ |
| Considere o desfoque do detector com um kernel gaussiano | ✔️ | ✔️ |
Outros softwares de pticografia
Se você não possui Matlab ou deseja explorar outro software de pticografia. Aqui estão alguns repositórios públicos:
Adorym: https://github.com/mdw771/adorym
Ptycho_gui: https://github.com/NSLS-II/ptycho_gui
Ptychodus: https://github.com/AdvancedPhotonSource/ptychodus
PtychoNN: https://github.com/mcherukara/PtychoNN
Ptychopy: https://github.com/kyuepublic/ptychopy
Py4DSTEM: https://github.com/py4dstem/py4DSTEM
PyNX: http://ftp.esrf.fr/pub/scisoft/PyNX/doc/
Tike: https://github.com/tomography/tike
Contrato de Licença Acadêmica
Código Fonte
Introdução
Este contrato de licença estabelece os termos e condições sob os quais o PAUL SCHERRER INSTITUT (PSI), CH-5232 Villigen-PSI, Suíça (doravante "LICENCIANTE") concederá a você (doravante "LICENCIADO") uma licença livre de royalties e não exclusiva licença apenas para fins acadêmicos e não comerciais (doravante "LICENÇA") para usar o programa de software de computador do pacote cSAXS ptychography MATLAB e a documentação associada fornecida abaixo (doravante "PROGRAMA").
Termos e Condições da LICENÇA
- A LICENCIANTE concede ao LICENCIADO uma licença não exclusiva e isenta de royalties para usar o PROGRAMA para fins acadêmicos e não comerciais, de acordo com os termos e condições estabelecidos a seguir e até o término desta licença conforme estabelecido abaixo.
- A LICENCIADA reconhece que o PROGRAMA é uma ferramenta de pesquisa ainda em fase de desenvolvimento. O PROGRAMA é fornecido sem quaisquer serviços, melhorias ou garantias relacionadas da LICENCIANTE e que a LICENÇA é celebrada para permitir que outros utilizem o PROGRAMA em suas atividades acadêmicas. É responsabilidade do LICENCIADO garantir o seu uso adequado e a exatidão dos resultados.
- O PROGRAMA É FORNECIDO "COMO ESTÁ", SEM GARANTIA DE QUALQUER TIPO, EXPRESSA OU IMPLÍCITA, INCLUINDO, MAS NÃO SE LIMITANDO ÀS GARANTIAS DE COMERCIALIZAÇÃO, ADEQUAÇÃO A UM DETERMINADO FIM E NÃO VIOLAÇÃO DE QUAISQUER PATENTES, DIREITOS AUTORAIS, MARCAS REGISTRADAS OU OUTROS DIREITOS. EM HIPÓTESE ALGUMA O LICENCIADOR, OS AUTORES OU OS DETENTORES DOS DIREITOS AUTORAIS SERÃO RESPONSÁVEIS POR QUALQUER REIVINDICAÇÃO, DANOS DIRETOS, INDIRETOS OU CONSEQUENCIAIS OU OUTRA RESPONSABILIDADE DECORRENTE DE, OU EM CONEXÃO COM O PROGRAMA OU O USO DO PROGRAMA OU OUTRAS NEGOCIAÇÕES NO PROGRAMA.
- O LICENCIADO concorda que usará o PROGRAMA e quaisquer modificações, melhorias ou derivados do PROGRAMA que o LICENCIADO possa criar (coletivamente, "MELHORIAS") exclusivamente para fins acadêmicos e não comerciais e que qualquer cópia do PROGRAMA ou derivados dele será distribuída apenas sob a mesma licença do PROGRAM. Os termos "acadêmico, não comercial", conforme usados neste Contrato, significam pesquisas acadêmicas ou outras pesquisas acadêmicas que (a) não são realizadas com fins lucrativos, ou (b) não se destinam a produzir obras, serviços ou dados para uso comercial. , ou (c) não seja conduzido nem financiado por uma pessoa ou entidade envolvida no uso comercial, aplicação ou exploração de obras semelhantes ao PROGRAMA.
- A LICENCIADA concorda que fará o seguinte reconhecimento em qualquer publicação resultante do uso do PROGRAMA ou de qualquer tradução do código para outra linguagem de computação: "O processamento dos dados foi realizado utilizando o pacote MATLAB de pticografia cSAXS desenvolvido pela Science IT e o coerente Grupos de espalhamento de raios X (CXS), Paul Scherrer Institut, Suíça."
Além disso, qualquer publicação que utilize o pacote ou qualquer tradução do código para outra linguagem de computação deverá citar
(para PtychoShelves) K. Wakonig, H.-C. Stadler, M. Odstrčil, EHR Tsai, A. Diaz, M. Holler, I. Usov, J. Raabe, A. Menzel, M. Guizar-Sicairos, PtychoShelves, uma estrutura versátil de alto nível para análise de alto desempenho de pticográficos dados, J. Appl. Cristal. 53(2) (2020). (doi: 10.1107/S1600576720001776)
(para mapa de diferenças) P. Thibault, M. Dierolf, A. Menzel, O. Bunk, C. David, F. Pfeiffer, Microscopia de difração de raios X de varredura de alta resolução, Science 321, 379-382 (2008). (doi: 10.1126/science.1158573).
(para máxima verossimilhança) P. Thibault e M. Guizar-Sicairos, Refinamento de máxima verossimilhança para imagem difrativa coerente, New J. Phys. 14, 063004 (2012). (doi: 10.1088/1367-2630/14/6/063004).
(para modos coerentes mistos) P. Thibault e A. Menzel, Reconstruindo misturas de estados a partir de medições de difração, Nature 494, 68-71 (2013). (doi: 10.1038/nature11806).
(e/ou para multislice) EHR Tsai, I. Usov, A. Diaz, A. Menzel e M. Guizar-Sicairos, pticografia de raios X com profundidade de campo estendida, Opt. Expresso 24, 29089-29108 (2016). (doi: 10.1364/OE.24.029089).
- Exceto pelo reconhecimento acima mencionado, o LICENCIADO não deverá usar o título do PROGRAMA ou os nomes ou logotipos do LICENCIANTE, nem qualquer adaptação dos mesmos, nem os nomes de qualquer um de seus funcionários ou laboratórios, em qualquer material publicitário, promocional ou de vendas sem aviso prévio por escrito. consentimento obtido da LICENCIANTE em cada caso.
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- A LICENÇA não deve ser interpretada como conferindo quaisquer direitos ao LICENCIADO por implicação ou de outra forma, exceto conforme especificamente estabelecido neste documento.
- AVISO LEGAL: O LICENCIADO deve estar ciente de que a Phase Focus Limited de Sheffield, Reino Unido, possui um portfólio internacional de patentes e pedidos pendentes relacionados à pticografia e que o PROGRAMA pode ser capaz de ser usado em circunstâncias que podem se enquadrar nas reivindicações de um ou mais dos as patentes da Phase Focus, em particular da patente com número de pedido internacional PCT/GB2005/001464. A LICENCIANTE declara explicitamente não indenizar os usuários do software caso a Phase Focus ou qualquer outro terceiro abra uma ação legal contra o LICENCIADO devido ao uso do programa.
- Este Contrato será regido pelas leis materiais da Suíça e qualquer disputa decorrente deste Contrato ou do uso do PROGRAMA será levada aos tribunais de Zurique, Suíça.
