seurat wrappers

SeuratEmbrulhos

SeuratWrappers é uma coleção de métodos e extensões fornecidos pela comunidade para Seurat, com curadoria do Satija Lab em NYGC. Esses métodos incluem funcionalidades não encontradas atualmente em Seurat e podem ser atualizados com muito mais frequência.

Consulte nosso guia de contribuição para obter assistência e diretrizes no desenvolvimento e adição de novos métodos ao SeuratWrappers

Vinhetas de métodos individuais podem ser encontradas no diretório docs/ , recomendamos olhar os arquivos markdown padrão ( *.md ) ao visualizar no GitHub

A instalação pode ser realizada através de controles remotos

 remotes :: install_github( ' satijalab/seurat-wrappers ' )

Listagem de métodos

Pacote	Vinheta	Referência	Fonte
Monóculo 3	Calculando trajetórias com Monocle 3 e Seurat	Cao et al, Natureza 2019	https://cole-trapnell-lab.github.io/monocle3
scVelo	Estimando a velocidade do RNA usando Seurat e scVelo	Bergen et al, bioRxiv 2019	https://scvelo.readthedocs.io
CoGAPS	Executando CoGAPS em objetos Seurat	Stein-O'Brien et al, Cell Systems 2019	https://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/CoGAPS.html
glmpca	Executando GLM-PCA em um objeto Seurat	Townes et al, Biologia do Genoma 2019	https://github.com/willtownes/glmpca
Conos	Integração de conjuntos de dados usando Conos	Barkas et al, Nature Methods 2019	https://github.com/hms-dbmi/conos
LIGER	Integrando objetos Seurat usando LIGER	Welch et al, Célula 2019	https://github.com/MacoskoLab/liger
rápidoMNN	Executando fastMNN em objetos Seurat	Biotecnologia da Natureza 2018	https://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/batchelor.html
Harmonia	Integração de conjuntos de dados usando Harmony	Korsunsky et al, bioRxiv 2018	https://github.com/immunogenomis/harmony
ALRA	Imputação de preservação zero com ALRA	Linderman et al, bioRxiv 2018	https://github.com/KlugerLab/ALRA
Velocidade	Estimando a velocidade do RNA usando Seurat	La Manno et al, Natureza 2018	https://velocyto.org
esquema	Usando schex com Seurat	Freytag, pacote R 2019	https://github.com/SaskiaFreytag/schex
Alevin	Importar contagens de alevins para Seurat	Srivastava et. al., Biologia do Genoma 2019	https://github.com/k3yavi/alevin-Rtools
nebulosa	Visualização da expressão gênica com Nebulosa	Jose Alquicira-Hernandez e Joseph E. Powell, sob revisão	https://github.com/powellgenomicslab/Nebulosa
CIPR	Usando CIPR com dados PBMC humanos	Ekiz et. al., BMC Bioinformática 2020	https://github.com/atakanekiz/CIPR-Package
miQC	Executando miQC em objetos Seurat	Hippen et. al., bioRxiv 2021	https://github.com/greenelab/miQC
triciclo	Executando estimativa_cycle_position do triciclo em objetos Seurat	Zheng et. al., bioRxiv 2021	https://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/tricycle.html