iCount
1.0.0
iCount é um módulo Python e interface de linha de comando associada (CLI), que fornece todos os comandos necessários para processar dados iCLIP em interações proteína-RNA e gerar:
arquivos FASTQ demultiplexados e ajustados por adaptador,
Arquivos BAM com leituras iCLIP mapeadas,
locais reticulados de proteína-RNA identificados, salvos em arquivos BED,
picos compostos por sites reticulados estatisticamente significativos, salvos em arquivos BED,
clusters de sites significativos com links cruzados, salvos em arquivos BED,
agrupamento de experimentos replicados individuais,
Geração de RNAmap mostrando a distribuição posicional de sítios reticulados em relação aos marcos genômicos,
análise de enriquecimento kmer,
e outro.
Você pode começar com o tutorial ou mergulhar na documentação.
iCount é desenvolvido e apoiado por Tomaž Curk do Laboratório de Bioinformática da Universidade de Ljubljana, Faculdade de Ciência da Computação e Informação e em colaboração com o laboratório de Jernej Ule.
O desenvolvimento começou no final de 2008, quando Tomaž Curk e Gregor Rot escreveram um primeiro protótipo do iCount. Muita coisa aconteceu desde então. Para obter detalhes e agradecimentos completos, consulte a seção como citar na documentação.
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