NetSolP-1.0 prevê a solubilidade e usabilidade para purificação de proteínas expressas em E. coli. O objetivo de usabilidade inclui a solubilidade e expressibilidade das proteínas. NetSolP-1.0 é baseado em modelos de linguagem de proteínas (ESM12, ESM1b).
O servidor web pode ser encontrado em https://services.healthtech.dtu.dk/service.php?NetSolP. Uma versão autônoma do software está disponível na guia Downloads. Ele contém o código do servidor web. Além disso, também possui os conjuntos de dados, código para treinamento e teste e os modelos treinados
Para treinamento:
cd TrainAndTest/
python train.py
mais detalhes e requisitos no README da pasta TrainAndTest.
Para previsão: (Primeiro treine e converta os modelos para ONNX OU baixe os modelos pré-treinados na guia Downloads do servidor web)
cd PredictionServer/
python predict.py --FASTA_PATH ./test_fasta.fasta --OUTPUT_PATH ./test_preds.csv --MODEL_TYPE ESM12 --PREDICTION_TYPE S
mais detalhes e requisitos no README da pasta PredictionServer.
O código está licenciado sob a licença BSD de 3 cláusulas.
@article{10.1093/bioinformatics/btab801,
author = {Thumuluri, Vineet and Martiny, Hannah-Marie and Almagro Armenteros, Jose J and Salomon, Jesper and Nielsen, Henrik and Johansen, Alexander Rosenberg},
title = "{NetSolP: predicting protein solubility in Escherichia coli using language models}",
journal = {Bioinformatics},
volume = {38},
number = {4},
pages = {941-946},
year = {2021},
month = {11},
issn = {1367-4803},
doi = {10.1093/bioinformatics/btab801},
url = {https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btab801},
eprint = {https://academic.oup.com/bioinformatics/article-pdf/38/4/941/49008876/btab801.pdf},
}