RCAS

Projeto RCAS

Introdução

RCAS é um pacote R/Bioconductor projetado como uma ferramenta de relatório genérica para a análise funcional de regiões de interesse em todo o transcriptoma detectadas por experimentos de alto rendimento. Tais regiões transcriptômicas poderiam ser, por exemplo, picos de sinal detectados pela análise CLIP-Seq para locais de interação proteína-RNA, locais de modificação de RNA (também conhecidos como epitranscriptoma), localizações de tags CAGE ou qualquer outra coleção de regiões de consulta no nível do transcriptoma. O RCAS produz resumos de anotações detalhados e perfis de cobertura com base na distribuição das regiões de consulta em relação aos recursos de transcrição (éxons, íntrons, regiões UTR 5'/3', limites éxon-íntron, regiões promotoras). Além disso, o RCAS pode realizar análises de enriquecimento funcional e descoberta de motivos discriminativos. RCAS suporta todas as versões do genoma que estão disponíveis em BSgenome::available.genomes

instalação:

Instalando a partir do Bioconductor

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly=TRUE)) install.packages("BiocManager")

BiocManager::install('RCAS')

Instalando a versão de desenvolvimento do Github

 library('devtools')
devtools::install_github('BIMSBbioinfo/RCAS')

Instalando via canal Bioconda

conda install bioconductor-rcas -c bioconda

Instalando via Guix

guix package -ir r-rcas

uso:

Vinhetas de embalagem e manual de referência

Para obter instruções detalhadas sobre como usar o RCAS, consulte:

• vinheta de pacote para análise de amostra única
• vinheta de pacote para análise de múltiplas amostras
• manual de referência para obter mais informações sobre as funções detalhadas disponíveis no RCAS.

Casos de uso de conjuntos de dados ômicos baseados em RNA publicados

Caso de uso de análise multiamostra

• Veja um exemplo de relatório comparando as regiões de pico descobertas por meio de experimentos de sequenciamento CLIP da proteína de ligação ao RNA FUS por Nakaya et al, 2013, Regulador Funcional Sináptico FMR1 por Ascano et al. 2012, e fator de iniciação eucariótica 4A-III por Sauliere et al, 2012.

Casos de uso de análise de amostra única

• Relatório RCAS para locais de ligação de RNA PUM2 detectados pela técnica PAR-CLIP (Hafner et al, 2010)

  • entrada: PARCLIP_PUM2_Hafner2010b_hg19

• Relatório RCAS para locais de ligação de RNA QKI detectados pela técnica PAR-CLIP (Hafner et al, 2010)

  • entrada: PARCLIP_QKI_Hafner2010c_hg19

• Relatório RCAS para locais de ligação de RNA IGF2BP123 detectados pela técnica PAR-CLIP (Hafner et al, 2010)

  • entrada: PARCLIP_IGF2BP123_Hafner2010d_hg19

• Relatório RCAS para pequenos loci de RNA (tiRNA) detectados por análise deepCAGE (Taft et al. 2009)

  • entrada: human_FANTOM4_tiRNAs.bed

• Relatório RCAS para locais de metilação m ¹ A (Dominissini et al, 2016)

  • entrada: GSE70485_human_peaks.txt.gz

Citação

Para citar RCAS, use:

Bora Uyar, Dilmurat Yusuf, Ricardo Wurmus, Nikolaus Rajewsky, Uwe Ohler, Altuna Akalin; RCAS: um sistema de anotação centrado em RNA para regiões de interesse em todo o transcriptoma. Ácidos Nucleicos Res 2017 gkx120. doi: 10.1093/nar/gkx120

Veja nossa publicação aqui.

Agradecimentos

O RCAS é desenvolvido no grupo de Altuna Akalin (chefe da Plataforma Científica de Bioinformática) por Bora Uyar (Cientista de Bioinformática), Dilmurat Yusuf (Cientista de Bioinformática) e Ricardo Wurmus (Administrador de Sistema) no Instituto de Biologia de Sistemas Médicos de Berlim (BIMSB) em Centro Max-Delbrueck de Medicina Molecular (MDC) em Berlim.

O RCAS é desenvolvido como um serviço de bioinformática como parte do RNA Bioinformatics Center, que é um dos oito centros da Rede Alemã de Infraestrutura de Bioinformática (de.NBI).