URD
Version 1.1.1
URD é um pacote R projetado para reconstruir trajetórias transcricionais subjacentes a processos de especificação ou diferenciação na forma de uma árvore ramificada, usando dados de sequenciamento de RNA de célula única. Seu nome vem da figura mitológica nórdica que nutre a árvore do mundo e decide todos os destinos.
URD é descrito em:
Reconstrução unicelular de trajetórias de desenvolvimento durante a embriogênese do peixe-zebra.
Farrell JA e Wang Y (contribuição igual), Riesenfeld SJ, Shekhar K, Regev A e Schier AF (contribuição igual).
Ciência 26 de abril de 2018. doi: 10.1126/science.aar3131
Para começar, confira o Tutorial de início rápido: (Visualizar) (Download)
A análise complementar completa de Farrell & Wang, et al. que descreve a reconstrução das trajetórias de desenvolvimento durante a embriogênese do peixe-zebra (3,3-12 horas após a fertilização) também está disponível.
A análise suplementar completa de Siebert, Farrell, et al. que descreve a reconstrução das trajetórias de desenvolvimento em Hydra adulta também está disponível.
Um tutorial para traçar os dados processados de Siebert, Farrell, et al. (veja abaixo para download) está disponível aqui
O objeto URD processado da embriogênese do peixe-zebra (3,3 - 12 horas após a fertilização) de Farrell & Wang, et al. pode ser baixado do Broad Single-cell Portal (requer login).
Os objetos URD processados de Hydra adulta de Siebert, Farrell, et al. pode ser baixado do Broad Single-cell Portal (requer login) ou do Data Dryad.
Alterações detalhadas e versões secundárias estão listadas em NEWS.md
Versão 1.1 lançada! Isso inclui novas funções para usar a análise do módulo NMF para detectar e remover dupletos, novas funções para observar a expressão genética em relação ao pseudotempo e novas funções de plotagem para inspecionar dados. Acompanha a publicação Trajetórias de diferenciação de células-tronco em Hydra resolvidas em resolução unicelular.
Versão 1.0 lançada! Ele acompanha nosso manuscrito Reconstrução unicelular de trajetórias de desenvolvimento durante a embriogênese do peixe-zebra!
