igv.js
3.0.8
igv.js é um componente de visualização de genoma interativo incorporável desenvolvido pela equipe Integrative Genomics Viewer (IGV).
James T Robinson, Helga Thorvaldsdottir, Douglass Turner, Jill P Mesirov, igv.js: uma implementação JavaScript incorporável do Integrative Genomics Viewer (IGV), Bioinformática, Volume 39, Edição 1, janeiro de 2023, btac830, https://doi. org/10.1093/bioinformática/btac830
Abaixo estão exemplos e um guia de início rápido. Consulte a documentação do desenvolvedor para obter mais documentação.
Alinhamentos
Interações
Copiar número
Várias regiões
Formato de anotação de mutação (MAF)
Opções de cores variantes
Mais
igv.js consiste em um único arquivo javascript sem dependências externas.
Arquivos pré-construídos para script incluem sistemas de módulos AMD ou CJS (igv.min.js) e um módulo ES6 (igv.esm.min.js) podem ser baixados em https://cdn.jsdelivr.net/npm/ [email protected]/dist/.
Para importar igv como um módulo ES6
importar igv de "https://cdn.jsdelivr.net/npm/[email protected]/dist/igv.esm.min.js"
Ou como um script include (define o "igv" global)
Alternativamente, você pode instalar com npm
npm install igv
e forneça o arquivo apropriado para o seu sistema de módulos (igv.min.js ou igv.esm.min.js) em node_modules/igv/dist.
Para criar um navegador igv.js, forneça um contêiner div e uma configuração inicial definindo o genoma de referência, trilhas iniciais e outros estados para a função igv.createBrowser(div, config) .
Esta função retorna uma promessa para um objeto igv.Browser que pode ser usado para controlar o navegador. Por exemplo, para abrir um navegador em uma única trilha de alinhamento aberta em um lugar geométrico específico:
var igvDiv = document.getElementById("igv-div");
var options =
{
genome: "hg38",
locus: "chr8:127,736,588-127,739,371",
tracks: [
{
"name": "HG00103",
"url": "https://s3.amazonaws.com/1000genomes/data/HG00103/alignment/HG00103.alt_bwamem_GRCh38DH.20150718.GBR.low_coverage.cram",
"indexURL": "https://s3.amazonaws.com/1000genomes/data/HG00103/alignment/HG00103.alt_bwamem_GRCh38DH.20150718.GBR.low_coverage.cram.crai",
"format": "cram"
}
]
};
igv.createBrowser(igvDiv, options)
.then(function (browser) {
console.log("Created IGV browser");
})A documentação completa da API igv.js está disponível em https://igv.org/doc/igvjs/.
Construir igv.js e executar os exemplos requer Linux ou MacOS. Outros ambientes Unix provavelmente funcionarão, mas não foram testados.
Os usuários do Windows podem usar o subsistema Windows para Linux.
Construir igv.js e executar os exemplos requer node.js.
git clone https://github.com/igvteam/igv.js.git cd igv.js npm install npm run build
Isso cria uma pasta dist com os seguintes arquivos
igv.js - arquivo UMDS para script incluído, módulos AMD ou CJS. Uma inclusão de script definirá um global "igv".
igv.min.js - versão reduzida de igv.js
igv.esm.js – módulo ES6
igv.esm.min.js – versão reduzida de igv.esm.js
Para executar os testes na linha de comando
npm run test
Para executar os exemplos, instale o http-server.
Inicie o http-server a partir do diretório raiz do projeto
servidor http npx
Em seguida, abra http://localhost:8080/examples em um navegador da web.
igv.js requer um navegador moderno com suporte para Javascript ECMAScript 2015 (ES6).
igv.js é licenciado pelo MIT.
