Shenzhen_BGIC_0101_2013 Baixar - Shenzhen_BGIC_0101

Shenzhen_BGIC_0101_2013

Outro código-fonte

Baixar

Gênova

Bem-vindo ao Mundo Genovo. Somos a equipe Shenzhen_BGIC_0101_2013. Acesse a página do projeto para melhor visualização. :)

O que fazemos é

NeoChr

O módulo Neochr ajudaria os usuários a capturar manualmente genes relacionados em diferentes caminhos, a religar o relacionamento dos genes logicamente* e a substituir genes por ortólogos com pontuação mais alta*.

NucleoMod

NucleoMod é um módulo para modificar a sequência CDS de genes gerados pelo módulo Neochr. Este módulo contém 5 plug-ins: design CRISPR, apagar local de enzima, criar local de enzima, otimização de códon, repetir quebra. Todos esses plugins permitem ao usuário alterar ou otimizar o gene. Após a operação do NucleoMod, o próximo passo é o SegmMan para projetar o método sintético de acordo com o comprimento do cromossomo.

SegmMan

O sintetizador ou chip de síntese pode sequenciar até 3kb de DNA com alta precisão, mas o cromossomo não é tão curto. O SegmMan pode resolver esse problema, ele divide o cromossomo em fragmentos de 30k, depois de analisar os locais de saída da enzima, continua a segmentação em fragmentos de 10k e 2k. Nos níveis 10k e 2k, adicionará região homóloga do vetor e projetará locais de enzimas.

============================================

instalar o guia

Nosso software é totalmente baseado no JBrowse, que é a próxima geração do GBrowse. Se você instalou o JBrowse, basta puxar o git e usar.

Instale o JBrowse

Para instalar o JBrowse, consulte o wiki principal do JBrowse em http://gmod.org/wiki/JBrowse.

Para breve descrição:

descompacte o arquivo de download na pasta raiz www (/home/www is recommand and do not use /var/www/ as that need root permission)
cd jbrowse
./install.sh # Instale todos os pacotes perl necessários com cpan. Se tudo correr bem, você pode abrir http://localhost/jbrowse/index.html?data=sample_data/json/volvox

Requisito de software

perl5
php5 (para API REST e servidor back-end)
Apache
Linux (testado no Debian)
git (para plugin de controle de versão)
Biopython e UNAFoldt (para plugin de chip)
Blast + (para plug-in NucleoMod)
Chrome, Firefox, and IE10 is recommand

Requisito de permissão

Você precisa alterar a permissão do Apache editando /etc/apache2/envvars

  export APACHE_RUN_USER=`whoami`
  export APACHE_RUN_GROUP=`whoami`

E

  sudo chown `whoami`:`whoami` /var/lock/apache2/
  sudo /etc/init.d/apache2 restart

Writable data, plugin/tmp_data, server/tmp_data, jbrowse_conf.json

Executable ./bin/ ./server/bin/ ./plugin/bin

Instalar Gênova

Copie plugins/, server/ para Jbrowse.

Instale o plug-in NucleoMod

NucleoMod depende do Blast+, então se você usa um sistema baseado em Debian: apt-get install ncbi-blast+

Ou você pode instalar em: ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/

Instale o plug-in de chip

Baixe e instale UNAFoldt e Biopython em:

UnaFold http://dinamelt.rit.albany.edu/download.php

Biopython: http://biopython.org/DIST/docs/install/Installation.html

instalar plugin de controle de versão

git is needed

Quaisquer outros plug-ins são portáteis

================================================= =

Tutorial do lado do servidor Genovo

Estrutura de pastas:

 ./data/    
   |-NeoChr_5_add          # NeoChr Plugin, name as "NeoChr_{weekday}"
   |---01.whole2mega       # SegmMan plugin  data
   |---02.globalREmarkup   # SegmMan plugin  data
   |---03.mega2chunk2mini  # SegmMan plugin  data
   |---chip_data           # chip design
   |---names               # prefix for search
   |---seq                 # crc32 encode refsequence  name path
   |-----d7f
   |-------417
   |---------f1
   |---tracks             # track display in browser
   |-----gene             # track cluster
   |-------NeoChr         # Genome Name 
   |-----part
   |-------NeoChr
   |-----Transcript
   |-------NeoChr

 ./server/
   |-bin
   |---chip_new           # create new chip data 
   |-----ols-pool-generation-script
   |-------output-oligos-and-primers
   |---GetPrice           # fetch enzyme price
   |---segmentation       # SegmMod plugin 
   |-config               # plugins config data
   |---features            
   |---geneset
   |---globalREmarkup
   |---markers
   |---Optimize
   |-doc                    # document about plugins
   |-lib                    # library used
   |-pathway                # pathway data used 
   |-REST                   # end-side REST implement
   |-------chip
   |-------features
   |-------modify
   |-------Segmentation
   |-------stats
   |---config
   |-rewire

API REST

 base_url = server/REST/index.php

# output genes data by refname and pos
GET base_url/features/SearchByLocation?refname&start&end   
POST base_url/features/delete

# output git verison control for unroll data
GET base_url/stats/version/(?<dataset>w+)

# get pathway resource
GET base_url/pathway/nav

# create and decouple from order genelist data
POST base_url/decouple?refname&

# add loxp, centremele, ARS and so on
POST	/modify/Add

#  SegmMod plugin 
POST 	/Segmentation/globalREmarkup
	        /Segmentation/mega2chunk2mini
	        /Segmentation/whole2mega
GET  	/Segmentation/info
	
# Nucleo plugin
POST     /NucleoMod

# chip plugin
POST	/chip/chip

GET 	/stats/config 

# for get downloadable data information
GET /data/info

Além disso, nosso implemento do lado do servidor é flexível. O usuário pode configurar os dados do servidor para uso de energia.

================================================= =

Requisito de medalhas

## Medalha de Bronze

1 Cadastre a equipe, tenha um ótimo verão e divirta-se participando do Jamboree
2 Crie e compartilhe uma descrição do projeto da equipe através do wiki iGEM
Visão geral do projeto
3 Apresente um pôster e fale no iGEM Jamboree.
4 Desenvolver e disponibilizar através do The Registry of Software Tools uma ferramenta de software de código aberto que suporte biologia sintética baseada em peças biológicas padrão BioBrick
- Nosso software no Github

Nota: Nosso software gigante visa operar Biobrick em nível de dispositivo com base em fragmentos de DNA sintetizados. Mas para o nível de biobrick, o segundo módulo também pode ajudar os usuários a projetar genes, como deleção de EcorI, XbaI, SpeI, PstI, Not I no CDS, otimização de códons e repetição de quebra.

Medalha de prata

1.A Forneça um rascunho de especificação detalhada para a próxima versão de sua ferramenta de software.

Como nosso projeto é muito grande e extensível, pelo menos 5 ideias não podem ser realizadas devido à limitação de tempo.

1.B Fornecer um segundo projeto de ferramentas de software distinto (mas complementar).

Para o terceiro módulo SegmMan, temos um método complementar de design e síntese de síntese de chip OLS (link), de modo que Genovo seja compatível tanto para sintetizador quanto para chip.

2 Fornecer uma demonstração de seu software na forma de um tutorial textual ou em vídeo disponibilizado em seu wiki.

Tutorial textual

Medalha de ouro

1 Peça a outra equipe que utilize o software desenvolvido por sua equipe. Você deve mostrar claramente como seu software foi utilizado e os resultados obtidos.

Temos a equipe de software Shenzhen_BGIC_ATCG para usar o segundo módulo para projetar seus genes.
O projeto SC2.0 também testa o módulo SegmMan na segmentação do chrVII.
2.A Descreva e detalhe como seu software afeta as Práticas Humanas em Biologia Sintética.