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Visão geral

O Banco de Dados de Taxonomia é uma classificação e nomenclatura com curadoria para todos os organismos nos bancos de dados de sequências públicas. Isso representa atualmente cerca de 10% das espécies de vida descritas no planeta. O endereço oficial do banco de dados de taxonomia do NCBI é https://www.ncbi.nlm.nih.gov/taxonomy e o endereço de download de dados públicos é https://ftp.ncbi.nih.gov/pub/taxonomy/. taxtree é usado para gerar uma topologia filogenética de unidades taxonômicas (taxa) com base no banco de dados Taxonomia processando nomes.dmp e nós.dmp e desenhando árvores evolutivas simples com base na hierarquia de táxons. A implementação da função taxtree depende de tidyverse e ggtree . Atualmente, taxtree permite que 768.430 táxons do banco de dados de taxonomia sejam usados para construir a topologia de uma árvore filogenética.

Classificações	táxons superiores	gênero	espécies	táxons mais baixos	total
Arqueia	610	264	878	0	1.752
Bactérias	5.897	5.005	24.761	952	36.615
Eucariotos	67.028	98.600	515.880	36.640	718.148
Fungos	6.009	7.437	55.840	1.571	70.857
Metazoários	48.564	70.320	270.261	18.292	407.437
Vírus	2.064	2.587	7.180	65	11.896
Bactérias	5.897	5.005	24.761	952	36.615
Todos os táxons	75.630	106.458	548.685	37.657	768.430

Instalação

Antes de instalar, você precisará baixar o pacote de dependência taxtree ggtree do BiocManager .

if (!require("BiocManager"))
  install.packages("BiocManager")
library(BiocManager)
if (!require("ggtree"))
  BiocManager::install("ggtree")

Instale devtools , que é usado para instalar pacotes R do GitHub.

if (!require("devtools"))
  install.packages("devtools")

Depois de concluir as etapas acima, inicie a instalação.

devtools::install_github("nongxinshengxin/taxtree")

Função

taxtree tem seis funções principais .

make_Taxtree() Se você tiver alguns nomes de táxons definidos (seja Reino Filo Classe Ordem Família Gênero Espécies ou qualquer outro nó taxonômico), você pode usar esta função para construir sua topologia taxonômica a partir de uma lista de nomes de táxons.
find_Lineage() Por um nome de táxon explícito, todas as linhagens taxonômicas sob esse taxno são encontradas.
name2rank() Se você tiver alguns nomes de táxons definidos (seja Reino Filo Classe Ordem Família Gênero Espécies ou qualquer outro nó taxonômico), você pode usar esta função para obter o nome da classificação da taxonomia (e taxid) com base no nome dos táxons.
name2rank_str() Se você tiver alguns nomes de táxons definidos (seja Reino Filo Classe Ordem Família Gênero Espécies ou qualquer outro nó taxonômico), você pode usar esta função para obter o nome da classificação da taxonomia (e taxid) com base no nome dos táxons. Você pode inserir uma única string ou um vetor contendo várias strings nesta função.
plot_taxTree() Desenhando uma árvore de taxonomia simples baseada no pacote ggtree .
write_taxTree() Esta função escreve em um arquivo uma árvore entre parênteses usando o formato Newick, baseado em pacotes ape .

Aplicativo

Anotação de espécies baseada em OTUs, permitindo a construção de sua topologia filogenética com base nos nomes dos táxons obtidos na anotação, utilizando a função make_Taxtree();
Realização de estudos taxonômicos. Curioso sobre os parentes próximos dos humanos da ordem Primatas? find_Lineage("Primates") é um comando de uma linha que lhe dará a resposta;
Espécies do gênero da família da ordem do filo fronteiriço, a classificação é muito complicada. name2rank(), name2rank_str(), basta fornecer o nome do táxon e ele informará sua classificação taxonômica;
Super ligação. taxtree é baseado no banco de dados Taxonomy e pode ser vinculado ao software TaxonKit ; além disso, taxtree gera classes filo S3, que são comumente usadas para armazenar árvores filogenéticas em R. A árvore pode ser facilmente embelezada em profundidade usando o pacote ggtree . A árvore também pode ser gerada via write_taxTree(), combinada com o pacote itol.toolkit e embelezada com iTOL.

Referência

Hadley Wickham. https://github.com/tidyverse/tidyverse

G Yu, DK Smith, H Zhu, Y Guan, TTY Lam (2017). ggtree: um pacote R para visualização e anotação de árvores filogenéticas com suas covariáveis e outros dados associados. Métodos em Ecologia e Evolução, 8(1):28-36. https://doi.org/10.1111/2041-210X.12628