biopíton
1.0.0
O Projeto Biopython é uma associação internacional de desenvolvedores de ferramentas Python disponíveis gratuitamente para biologia molecular computacional.
Este arquivo README é destinado principalmente a pessoas interessadas em trabalhar com o código-fonte do Biopython, seja uma das versões do site http://biopython.org ou de nosso repositório no GitHub https://github.com/biopython/biopython
Nossa documentação centrada no usuário, The Biopython Tutorial and Cookbook, e documentação da API, é gerada a partir de nosso repositório usando Sphinx.
O arquivo NEWS resume as mudanças em cada versão do Biopython, junto com o arquivo DEPRECATED que observa quebras de API.
O pacote Biopython é um software de código aberto disponibilizado sob condições generosas. Consulte o arquivo LICENSE para obter mais detalhes.
Se você utiliza o Biopython em um trabalho que contribui para uma publicação científica, pedimos que cite nossa nota de aplicação (abaixo) ou uma das publicações específicas do módulo (listadas em nosso site):
Galo, PJA et al. Biopython: ferramentas Python disponíveis gratuitamente para biologia molecular computacional e bioinformática. Bioinformática 1º de junho de 2009; 25(11) 1422-3 https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btp163 pmid:19304878
Python inclui o sistema de gerenciamento de pacotes "pip" que deve permitir que você instale o Biopython (e sua dependência NumPy se necessário), atualize ou desinstale com apenas um comando de terminal:
pip instalar biopython pip install --upgrade biopython pip desinstalar biopython
Desde o Biopython 1.70, fornecemos pacotes de roda binária pré-compilados em PyPI para Linux, macOS e Windows. Isso significa que a instalação do pip deve ser rápida e não requer um compilador.
Como desenvolvedor ou contribuidor potencial, você pode baixar, construir e instalar o Biopython você mesmo. Isso é descrito abaixo.
Atualmente recomendamos o uso do Python 3.11 em http://www.python.org
Atualmente, o Biopython é compatível e testado nas seguintes implementações Python:
Biopython requer NumPy (veja http://www.numpy.org) que será instalado automaticamente se você instalar o Biopython com pip (veja abaixo para compilar o Biopython você mesmo).
Dependendo de quais partes do Biopython você planeja usar, há uma série de outras dependências opcionais do Python, que podem ser instaladas posteriormente, se necessário:
Bio.Graphics , portanto, se você não precisa desta funcionalidade, não precisará instalar este pacote.Bio.Phylo usa este pacote para traçar árvores filogenéticas.Bio.Phylo .Bio.Phylo .BioSQL para acessar um banco de dados PostgreSQL.BioSQL para acessar um banco de dados MySQL e também é compatível com PyPy.BioSQL para acessar um banco de dados MySQL. É suportado pelo PyPy.Além disso, há uma série de ferramentas úteis de terceiros que você pode querer instalar, como NCBI BLAST, EMBOSS ou ClustalW independentes.
Recomendamos usar as rodas binárias pré-compiladas disponíveis no PyPI usando:
pip instalar biopython
No entanto, se você mesmo precisar compilar o Biopython, o seguinte será necessário em tempo de compilação:
Python incluindo arquivos de cabeçalho de desenvolvimento como python.h , que no Linux geralmente não são instalados por padrão (tentando procurar e instalar um pacote chamado python-dev ou python-devel , bem como o pacote python ).
Compilador C apropriado para sua versão do Python, por exemplo GCC no Linux, MSVC no Windows. Para Mac OS X, ou macOS, como agora é conhecido, use as ferramentas de linha de comando da Apple, que podem ser instaladas com o comando do terminal:
xcode-select --install
Isso oferecerá a instalação do conjunto de desenvolvimento XCode da Apple - você pode, mas não é necessário e ocupa muito espaço em disco.
Em seguida, baixe e descompacte nosso código-fonte ou busque-o usando git. Agora mude o diretório para a pasta do código-fonte do Biopython e execute:
pip instalar -e. teste python setup.py sudo python setup.py instalar
Substitua python pela sua versão específica, se necessário, por exemplo python3 ou pypy3 .
Para excluir testes que requerem conexão com a internet (e que podem demorar muito), use a opção --offline :
teste python setup.py --offline
Se você precisar fazer configurações adicionais, por exemplo, alterar o prefixo do diretório de instalação, digite python setup.py .
Biopython inclui um conjunto de testes de regressão para verificar se tudo está funcionando corretamente. Para executar os testes, acesse o diretório do código-fonte do biopython e digite:
pip instalar -e. teste python setup.py
Se você quiser pular os testes online (o que é recomendado ao fazer testes repetidos), use:
teste python setup.py --offline
Não entre em pânico se vir mensagens avisando sobre testes ignorados:
test_DocSQL ... pulando. Instale o MySQLdb se quiser usar o Bio.DocSQL.
Isso provavelmente significa que um pacote não está instalado. Você pode ignorar isso se ocorrer nos testes de um módulo que você não planejava usar. Se você quiser usar esse módulo, instale a dependência necessária e execute novamente os testes.
Alguns dos testes podem falhar devido a problemas de rede, geralmente devido ao acaso ou a uma interrupção do serviço. Se o problema não desaparecer ao executar novamente os testes, você pode usar a opção --offline .
Há mais informações sobre testes no Tutorial e livro de receitas do Biopython.
O Biopython 1.61 introduziu um novo aviso, Bio.BiopythonExperimentalWarning , que é usado para marcar qualquer código experimental incluído nas versões estáveis do Biopython. Esse código de nível 'beta' está pronto para testes mais amplos, mas ainda pode mudar, e só deve ser testado pelos primeiros usuários, a fim de fornecer feedback através da lista de discussão biopython-dev.
Esperamos que esse código experimental alcance o status estável dentro de um ou dois lançamentos, momento em que nossas políticas normais sobre a tentativa de preservar a compatibilidade com versões anteriores seriam aplicadas.
Enquanto tentamos enviar um pacote robusto, bugs inevitavelmente aparecem. Se você está tendo problemas que podem ser causados por um bug no Biopython, é possível que ele já tenha sido identificado. Atualize para a versão mais recente se ainda não estiver usando e tente novamente. Se o problema persistir, pesquise em nosso banco de dados de bugs e em nossas listas de discussão para ver se ele já foi relatado (e esperançosamente corrigido) e, se não, reporte o bug. Não podemos resolver problemas que não conhecemos ;)
Rastreador de problemas: https://github.com/biopython/biopython/issues
Se você suspeitar que o problema está em um analisador, é provável que o formato dos dados tenha mudado e quebrado o código de análise. (Os formatos de texto BLAST e GenBank parecem ser particularmente frágeis.) Assim, o código de análise no Biopython às vezes é atualizado mais rápido do que podemos construir versões do Biopython. Você pode obter o analisador mais recente extraindo os arquivos relevantes (por exemplo, aqueles em Bio.SeqIO ou Bio.Blast ) de nosso repositório git. No entanto, tenha cuidado ao fazer isso, porque o código no github não é tão bem testado quanto o código lançado e pode conter novas dependências.
Em qualquer relatório de bug, informe-nos:
E também idealmente:
O Biopython é administrado por voluntários de todo o mundo, com diversos tipos de experiência. Estamos sempre em busca de pessoas interessadas em ajudar no desenvolvimento de código, gerenciamento de sites, redação de documentação, administração técnica e tudo o mais que surgir.
Se você deseja contribuir, leia primeiro CONTRIBUTING.rst aqui, visite nosso site http://biopython.org e junte-se à nossa lista de discussão: http://biopython.org/wiki/Mailing_lists
README.rst -- Este arquivo.NEWS.rst – Notas de lançamento e notícias.LICENSE.rst – O que você pode fazer com o código.CONTRIB.rst – Uma lista (incompleta) de pessoas que ajudaram o Biopython de uma forma ou de outra.CONTRIBUTING.rst – Uma visão geral sobre como contribuir para o Biopython.DEPRECATED.rst – Contém informações sobre módulos no Biopython que foram removidos ou não são mais recomendados para uso e como atualizar o código que usa esses módulos.MANIFEST.in – Configura quais arquivos incluir nas versões.setup.py -- Arquivo de instalação.Bio/ - O código base do código principal.BioSQL/ -- Código para usar Biopython com bancos de dados BioSQL.Doc/ -- Documentação.Scripts/ -- Scripts independentes diversos, possivelmente úteis.Tests/ -- Código de teste de regressão incluindo arquivos de dados de amostra.
