PubData

PubData

Mecanismo de busca inteligente para todos os bancos de dados de bioinformática em todo o mundo

Sobre

PubData é um mecanismo de busca e sistema de recuperação de arquivos para todos os bancos de dados de bioinformática em todo o mundo. PubData pesquisa dados biomédicos de FTP de maneira amigável, semelhante à forma como o PubMed pesquisa literatura biomédica. PubData é hospedado como um aplicativo da web e um programa de software de interface gráfica do usuário (GUI) independente, enquanto o PubMed é hospedado como um servidor da web online. PubData é baseado em novos algoritmos de programação de rede e processamento de linguagem natural que podem ser conectados aos servidores FTP de qualquer banco de dados de bioinformática especificado pelo usuário, consultar seu conteúdo e recuperar arquivos para download.

PubData é escrito na linguagem de programação Python (especificamente Django e PyQt4). PubData pode pesquisar, acessar, visualizar e recuperar remotamente arquivos das árvores de diretórios profundamente aninhadas de qualquer banco de dados de bioinformática importante por meio de uma rede de computadores local. Ao reunir todos os principais bancos de dados de bioinformática sob o teto de um programa de software, PubData permite ao usuário evitar complicações desnecessárias e complexidades não padronizadas inerentes ao acesso aos bancos de dados um por um usando um navegador da Internet. Mais importante ainda, permite que um usuário consulte vários bancos de dados simultaneamente para palavras-chave especificadas pelo usuário (por exemplo, human , cancer , transcriptome ). Como tal, PubData permite que os pesquisadores pesquisem, acessem, visualizem e baixem arquivos dos servidores FTP de qualquer grande banco de dados de bioinformática diretamente de um local centralizado. Usando apenas uma GUI ou aplicativo web, PubData permite ao usuário navegar simultaneamente em vários servidores FTP de bioinformática diretamente do conforto de seu computador local.

Por favor, cite: "Khomtchouk et al.: 'PubData: mecanismo de busca para bancos de dados de bioinformática em todo o mundo', 2016: http://dx.doi.org/10.1101/069575" em qualquer fonte que faça uso de quaisquer métodos inspirados em PubData .

Interface de usuário do servidor web PubData

Resultados da pesquisa do servidor da web PubData

Instruções de instalação do executável binário PubData

Requisitos

• Pitão >= 2.7

Linux:

• Certifique-se de ter o Python 2.7 instalado.
• Bibliotecas Python necessárias: PyQt4, PyQt
• Git clona o diretório PubData .
• Navegue até o diretório /interface.
• Execute “python GUI.py”.
• Se estiver faltando uma biblioteca Python, ela será informada ao executá-la.

Capturas de tela da GUI

Ao abrir PubData , primeiro escolha um banco de dados de bioinformática para fazer login:

Conectado ao banco de dados do Sistema de Classificação PANTHER (Protein ANalysis THrough Evolutionary Relationships):

Se você não vir seu banco de dados favorito na lista, poderá inseri-lo manualmente (conveniente para bancos de dados publicados recentemente):

Digamos que você queira "pesquisar no Google" vários bancos de dados simultaneamente:

Pesquisa por palavra-chave para arquivos ChIP-seq nesses bancos de dados selecionados (várias palavras-chave também podem ser usadas):

Mostrando todos os resultados de pesquisa relevantes relativos aos arquivos ChIP-seq em todos os bancos de dados selecionados:

Pesquisa por palavra-chave para arquivos RNA-seq nesses bancos de dados selecionados (várias palavras-chave também podem ser usadas):

Mostrando todos os resultados de pesquisa relevantes relativos a arquivos RNA-seq (dos bancos de dados selecionados):