baad
veau2002, dictionary
O Banco de Dados de Biomassa e Alometria (BAAD) contém dados sobre a construção de plantas lenhosas em todo o mundo. Estes dados foram recolhidos a partir de mais de 170 estudos científicos publicados e não publicados, a maioria dos quais não estavam anteriormente disponíveis no domínio público. Esperamos que a disponibilização destes dados melhore a nossa capacidade de compreender o crescimento das plantas, a dinâmica dos ecossistemas e o ciclo do carbono na vegetação lenhosa do mundo. O conjunto de dados é descrito mais detalhadamente na publicação
Falster, DS, RA Duursma, MI Ishihara, DR Barneche, RG FitzJohn, A Vårhammar, M Aiba, M Ando, N Anten, MJ Aspinwall, JL Baltzer, C Baraloto, M Battaglia, JJ Battles, B Bond-Lamberty, M van Breugel, J Camac, Y Claveau, L Coll, M Dannoura, S Delagrange, JC Domec, F Fatemi, W Feng, V Gargaglione, Y Goto, A Hagihara, JS Hall, S Hamilton, D Harja, T Hiura, R Holdaway, LS Hutley, T Ichie, EJ Jokela, A Kantola, JW G Kelly, T Kenzo, D King , BD Kloeppel, T Kohyama, A Komiyama, JP Laclau, CH Lusk, DA Maguire, G le Maire, A Mäkelä, L Markesteijn, J Marshall, K McCulloh, I Miyata, K Mokany, S Mori, RW Myster, M Nagano, SL Naidu, Y Nouvellon, AP O'Grady, KL O'Hara, T Ohtsuka, N Osada, OO Osunkoya, PL Peri, AM Petritan, L Poorter, A Portsmuth, C Potvin, J Ransijn, D Reid, SC Ribeiro, SD Roberts, R Rodríguez, A Saldaña-Acosta, I Santa-Regina, K Sasa, NG Selaya, SC Sillett, F Sterck, K Takagi, T Tange, H Tanouchi, D Tissue, T Umehara, H Utsugi, MA Vadeboncoeur, F Valladares, P Vanninen, JR Wang, E Wenk, R Williams, F de Aquino Ximenes, A Yamaba, T Yamada, T Yamakura, RD Yanai e RA York (2015) BAAD: um banco de dados de biomassa e alometria para plantas lenhosas. Ecologia 96 :1445–1445. 10.1890/14-1889.1
No momento da publicação, o BAAD continha 258.526 medições coletadas em 175 estudos diferentes, de 20.950 indivíduos de 674 espécies. Detalhes sobre estudos individuais contribuídos para o BAAD estão disponíveis nestes relatórios online.
Os dados no BAAD são divulgados sob a renúncia de domínio público Creative Commons Zero e podem, portanto, ser reutilizados sem restrições. Para reconhecer o trabalho realizado na construção do banco de dados, pedimos gentilmente que você cite o artigo acima ou, ao usar dados de apenas um ou alguns estudos individuais, os artigos originais, se preferir.
Existem duas opções para acessar dados no BAAD.
Você pode baixar uma versão compilada do banco de dados em:
R .O banco de dados contém os seguintes elementos
data : conjunto de dados amalgamado (tabela), com colunas conforme definido no dictionarydictionary : uma tabela de definições de variáveismetadata : uma tabela com colunas "nome do estudo","Tópico","Descrição", contendo informações escritas sobre os métodos usados para coletar os dadosmethods : uma tabela com colunas como nos dados, mas contendo um código para os métodos usados para coletar os dados. Consulte config/methodsDefinitions.csv para obter códigos.references : como tabela de resumo e entradas do bibtex contendo a fonte primária de cada estudocontacts : tabela com informações de contato e afiliações para cada estudo. Esses elementos estão disponíveis em ambos os links acima como uma série de arquivos CSV e de texto. Se você estiver usando R , de longe a melhor maneira de acessar os dados é através do nosso pacote baad.data. Após instalar o pacote (instruções aqui), os usuários podem executar
baad.data :: baad_data( " 1.0.0 " )baixar a versão armazenada nos Arquivos Ecológicos, ou
baad.data :: baad_data( " x.y.z " )para baixar uma versão anterior ou mais recente (onde os números de versão seguirão as diretrizes de controle de versão semântico. O pacote baad.data armazena tudo em cache para que as chamadas subsequentes, mesmo entre sessões, sejam muito rápidas. Isso deve facilitar uma maior reprodutibilidade, tornando mais fácil depender de a versão usada para uma determinada análise e permitindo que diferentes análises usem diferentes versões do banco de dados.
Mais detalhes sobre as diferentes versões e mudanças entre versões estão disponíveis na página de lançamentos do github e no CHANGELOG.
O BAAD foi projetado para ser um banco de dados vivo – faremos lançamentos periódicos à medida que adicionarmos mais dados. Essas atualizações corresponderão às alterações no número da versão deste recurso, e cada versão do banco de dados estará disponível no github e por meio do pacote baad.data. Se você usar este recurso para uma análise publicada, anote o número da versão em sua publicação. Isso permitirá que qualquer pessoa no futuro volte e encontre exatamente a mesma versão dos dados que você usou.
O BAAD pode ser reconstruído a partir da fonte (arquivos de dados brutos) usando nosso fluxo de trabalho com script em R. Além da base R, a construção do BAAD requer o pacote 'remake'. Para instalar o remake, de dentro do R, execute:
# installs the package devtools
install.packages("devtools")
# use devtools to install remake
devtools::install_github("richfitz/remake")
Vários outros pacotes também são necessários ( rmarkdown, knitr, knitcitations, plyr, whisker, maps, mapdata, gdata, bibtex, taxize, Taxonstand, jsonlite ). Eles podem ser instalados no R usando install.packages ou mais facilmente usando remake (instruções abaixo).
O banco de dados pode então ser reconstruído usando remake.
Primeiro baixe o código e os dados brutos, do Ecological Archives ou do github como arquivo zip, ou clonando o repositório baad:
git clone [email protected]:dfalster/baad.git
Em seguida, abra R e defina a pasta baixada como seu diretório de trabalho. Então,
# ask remake to install any missing packages
remake::install_missing_packages()
# build the dataset
remake::make("export")
# load dataset into R
baad <- readRDS('export/baad.rds')
Uma cópia do conjunto de dados foi salva na pasta export como rds (dados compactados para R) e também como arquivos csv.
Você pode reproduzir qualquer versão do BAAD verificando o commit apropriado gerado ou usando os links fornecidos na guia de lançamentos. Por exemplo, para reproduzir a versão 1.0.0 da base de dados, correspondente ao artigo na Ecology e ao manuscrito submetido à Ecology:
git checkout v1.0.0
Então em R execute
remake::make("export")
remake::make("manuscript")
Congratulamo-nos com novas contribuições para o BAAD.
Se você gostaria de contribuir com dados, os requisitos são
Veja estas instruções sobre como preparar e enviar sua contribuição.
Assim que dados adicionais suficientes forem contribuídos, planejamos enviar uma atualização do primeiro artigo de dados, convidando como co-autores qualquer pessoa que tenha contribuído desde o primeiro artigo de dados.
Somos extremamente gratos a todos que contribuíram com dados. Gostaríamos também de agradecer às seguintes fontes de financiamento por apoiarem a compilação de dados. DS Falster, A. Vårhammer e DR Barneche foram empregados em uma bolsa de descoberta ARC para Falster (DP110102086) e uma bolsa inicial de UWS para RA Duursma. RG FitzJohn foi apoiado pelo Fundo de Doação para Ciência e Indústria (RP04-174). MI Ishihara foi apoiado pelo Fundo de Pesquisa Ambiental e Desenvolvimento Tecnológico (S-9-3) do Ministério do Meio Ambiente do Japão.
