siar

SIAR v4.2.4.XXXX

Análise de isótopos estáveis ​​​​em R - pacote

NÃO USE ESTE PACOTE SIAR!!!!

• IMPORTANTE: SIAR está extinto (morto, desaparecido, acabado).
  • Utilize os pacotes SIBER para montagem de elipses e cascos convexos.
  • Use o pacote MixSIAR para ajustar modelos de mistura, que oferece o mais recente conjunto de opções para incluir covariáveis ​​​​lineares e efeitos aleatórios hierárquicos, entre outros novos desenvolvimentos. Você também pode usar o pacote simmr para ajustar versões simples ou leves de modelos de mixagem.

Parnell, AC, Inger R., Bearhop, S. & Jackson, AL 2010. Particionamento de fonte usando isótopos estáveis: lidando com muita variação. PLoS ONE, 5(3), e9672 . faça

Versão 4.2.4.XXXXX

• SIAR está extinto.
  • Utilize os pacotes SIBER para montagem de elipses e cascos convexos.
  • Use o pacote MixSIAR para ajustar modelos de mistura, que oferece o mais recente conjunto de opções para incluir covariáveis ​​​​lineares e efeitos aleatórios hierárquicos, entre outros novos desenvolvimentos. Você também pode usar o pacote simmr para ajustar versões simples ou leves de modelos de mixagem.

Versão 4.2.4

• adicione o argumento 'color.src' (com 20 cores diferentes definidas como padrão) às funções 'siarplotdatawrapper' e 'siarplotdata', enquanto o usuário pode definir as cores dos itens de origem por conta própria.
• alterou a saída na função 'siarhdrs' de c("Low 95% hdr","High 95% hdr","mode","mean") para c("Mean", "SD", "2.5%", " 5%", "25%", "50%", "75%", "95%", "97,5%") como padrão.
• add Valor de retorno para a função 'siarhdrs'.

Versão 4.2.3 20 de fevereiro de 2018

• bugs de 4.2.2.9000 incorporados.
• bugs na rotulagem de intervalos confiáveis ​​gerados por siarproportionbysourceplot e siarproportionbygroupplot corrigidos.

Versão 4.2.2.9000 Hotfix 28 de março de 2017

• atualize para o pacote spatstat quebrou siar. Isso é trocado para spatstat.utils em um hotfix na ramificação master.

Correções da versão 4.2.2:

• bug na chamada para .C() para o único grupo de dados do consumidor que surge devido ao dataframe não ser automaticamente coagido para o formato duplo. A coerção agora é as.double(as.matrix(some.data)). Isso resolve o error: not a matrix

Correções da versão 4.2.1:

• bug nas rotinas SIBER em distribuições Linux de plantão para bayesm:rmultireg via siar:bayesMVN que foi detectado por https://github.com/lsaravia
• O argumento main="my awesome graph" de siardensityplot() agora funciona.
• larguras de linha em todos os arquivos *.Rd agora dentro do limite de 90 caracteres para criação de PDF.
• limpou algumas instâncias de chamadas quartz() que não são usadas em nenhum caso.

Instalando SIAR

Você pode instalar diretamente do GitHub se tiver o pacote devtools instalado. Mas você realmente não deveria. Este pacote já não é apoiado nem encorajado, e só é

	library( devtools )
	install_github( " andrewljackson/siar@master " , build_vingettes = TRUE )
	library( siar )

Tutoriais, ajuda e assistência

Há uma variedade de materiais disponíveis para começar a usar o SIAR com links para arquivos de exemplo, podcasts de vídeo, tutoriais etc... disponíveis em http://www.tcd.ie/Zoology/research/groups/jackson/projects/siar. php. Também há mais arquivos e exemplos em https://github.com/AndrewLJackson/SIAR-examples-and-queries e consolidarei esses vários arquivos neste repositório git e/ou no site git que o acompanha em algum momento no futuro. Observe também que estou trabalhando atualmente em uma grande atualização do SIBER, que o removerá do pacote SIAR em algum momento https://github.com/AndrewLJackson/SIBER-sandbox.

Agradecimentos

Obrigado a Natalie Cooper pela ajuda com as instruções de instalação do Github e conselhos gerais sobre o Git!

Publicações

Jackson, AL, Parnell, AC, Inger R., & Bearhop, S. 2011. Comparando larguras de nichos isotópicos entre e dentro das comunidades: SIBER – Stable Isotope Bayesian Ellipses in R. Journal of Animal Ecology, 80, 595-602. faça

Parnell, AC, Inger R., Bearhop, S. & Jackson, AL 2010. Particionamento de fonte usando isótopos estáveis: lidando com muita variação. PLoS ONE, 5(3), e9672 . faça