intervene

Intervir

uma ferramenta para interseção e visualização de múltiplos conjuntos de genes ou regiões genômicas

Documentação

Uma documentação detalhada está disponível em diferentes formatos: HTML | PDF | ePUB

Instalação

Instalação rápida usando Conda

conda install -c bioconda intervene

Isso instalará todas as dependências e você estará pronto para usar o Intervene.

Instalar usando pip

Você pode instalar o Intervene do PyPi usando pip.

Instale a partir do PyPi:

 pip instalar intervir

Nota: Se você instalar usando pip, certifique-se de instalar os pacotes BEDTools e R listados abaixo.

Intervene requer os seguintes módulos Python e pacotes R:

• Python (=> 3.3): https://www.python.org/
• BedTools (versão mais recente): https://github.com/arq5x/bedtools2
• pybedtools (>= 0.7.9): https://daler.github.io/pybedtools/
• Pandas (>= 0.16.0): http://pandas.pydata.org/
• Seaborn (>= 0.7.1): http://seaborn.pydata.org/
• R (>= 3,0): https://www.r-project.org/
• Pacotes R incluindo UpSetR (v1.4.0), corrplot

Instale BEDTools

Estamos usando pybedtools, que é um wrapper Python para BEDTools. Portanto, o BEDTools deve ser instalado antes de usar o Intervene. É recomendado ter uma versão mais recente, mas se você já tiver uma versão mais antiga instalada, tudo bem.

Uma instalação rápida, se você tiver o conda instalado.

conda install -c bioconda bedtools

Leia as instruções em https://github.com/arq5x/bedtools2 para instalar o BEDTools e certifique-se de que esteja no seu caminho e de que você possa chamar bedtools de qualquer diretório.

Instale os pacotes R necessários

Intervir requer três pacotes R, UpSetR, corrplot para visualização e Cairo para gerar figuras vetoriais e bitmap de alta qualidade.

install.packages(c( " UpSetR " , " corrplot " , " Cairo " ))

Instale o Intervene da fonte

Você pode instalar uma versão de desenvolvimento usando git do GitHub ou Bitbucket.

Instale a versão de desenvolvimento do Bitbucket

Se você tiver o git instalado, use isto:

git clone https://bitbucket.org/CBGR/intervene.git
cd intervene
python setup.py sdist install

Instale a versão de desenvolvimento do GitHub

Se você tiver o git instalado, use isto:

git clone https://github.com/asntech/intervene.git
cd intervene
python setup.py sdist install

Como usar Intervir

Depois de instalar o Intervene, você pode digitar:

intervene --help

Isso mostrará a seguinte mensagem de ajuda.

usage: intervene < subcommand > [options]

positional arguments < subcommand > :
  {venn,upset,pairwise}
                        List of subcommands
    venn                Venn diagram of intersection of genomic regions or list sets (upto 6-way).
    upset               UpSet diagram of intersection of genomic regions or list sets.
    pairwise            Pairwise intersection and heatmap of N genomic region sets in < BED/GTF/GFF > format.

optional arguments:
  -h, --help            show this help message and exit
  -v, --version         show program ' s version number and exit

para ver a ajuda para os três subcomandos pairwise , venn e tipo upset :

intervene pairwise --help

intervene venn --help

intervene upset --help

Execute Intervene nos dados de teste

Para executar o Intervene usando dados de exemplo, use os comandos a seguir. Para acessar os dados de teste, certifique-se de ter acesso sudo ou root .

intervene pairwise --test

intervene venn --test

intervene upset --test

Se você instalou o Intervene localmente a partir do código-fonte, poderá ter problemas para encontrar dados de teste. Você pode baixar os dados de teste aqui https://github.com/asntech/intervene/tree/master/intervene/example_data e apontar para eles usando -i em vez de --test .

./intervene/intervene venn -i intervene/example_data/ENCODE_hESC/ * .bed
./intervene/intervene upset -i intervene/example_data/ENCODE_hESC/ * .bed
./intervene/intervene pairwise -i intervene/example_data/dbSUPER_mm9/ * .bed

Os três comandos de teste acima gerarão as três figuras a seguir (a, b e c).

Por padrão, seus resultados serão armazenados no diretório de trabalho atual com uma pasta chamada Intervene_results . Se desejar salvar os resultados em uma pasta específica, você pode digitar:

 intervir chateado --test --output ~/caminho/para/sua/pasta

Aplicativo interativo brilhante

O aplicativo Intervene Shiny está disponível gratuitamente em https://asntech.shinyapps.io/intervene ou https://intervene.shinyapps.io/intervene

O código-fonte do aplicativo Shiny está disponível em https://github.com/asntech/intervene-shiny

Apoiar

Se você tiver dúvidas ou encontrar algum bug no programa, escreva para azez.khan[at]gmail.com

Cite-nos

Se você usa o Intervene, cite-nos: Khan A, Mathelier A. Intervene: a tool for intersection and visualization of multiple gene or genomic region sets. BMC Bioinformatics. 2017;18:287. doi: 10.1186/s12859-017-1708-7