lightdock
0.9.4
LightDock é uma estrutura de acoplamento proteína-proteína, proteína-peptídeo e proteína-DNA baseada no algoritmo Glowworm Swarm Optimization (GSO).
A estrutura LightDock é altamente versátil, com muitas opções que podem ser desenvolvidas e otimizadas pelos usuários: pode aceitar qualquer função de pontuação definida pelo usuário, pode usar minimização local sem gradiente, a simulação pode ser restrita desde o início para focar em regiões de interação atribuídas pelo usuário, ele suporta restrições de resíduos em parceiros receptores e ligantes .
O protocolo LightDock e as atualizações para fazer uso de restrições de resíduos foram publicados na revista Oxford Bioinformatics. Por favor, cite estas referências se você usar LightDock em sua pesquisa:
LightDock: uma nova abordagem multiescala para acoplamento proteína-proteína
Brian Jiménez-García, Jorge Roel-Touris, Miguel Romero-Durana, Miquel Vidal, Daniel Jiménez-González e Juan Fernández-Recio
Bioinformática , Volume 34, Edição 1, 1º de janeiro de 2018, páginas 49–55, https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btx555
LightDock é orientado por informações
Jorge Roel-Touris, Alexandre MJJ Bonvin, Brian Jiménez-García
Bioinformática , btz642; doi: https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btz642
Modelagem Integrativa de Conjuntos de Proteínas Associados à Membrana
Jorge Roel-Touris, Brian Jiménez-García e Alexandre MJJ Bonvin
Nat Commun 11 , 6210 (2020); faça: https://doi.org/10.1038/s41467-020-20076-5
O software Lightdock é compatível e foi testado com os seguintes sistemas operacionais:
O Microsoft Windows não é oficialmente suportado, embora muitas partes do protocolo possam ser executadas. Por favor, use-o por sua própria conta e risco. Se você deseja contribuir com testes e desenvolvimento do LightDock para Windows, entre em contato conosco.
LightDock tem as seguintes dependências:
As dependências opcionais são:
A maneira mais rápida de instalar o LightDock é usar pip :
pip install lightdockPara desenvolvimento e extensão do código LightDock, siga estas instruções:
Clone este repositório:
git clone https://github.com/lightdock/lightdock.gitPor favor, certifique-se de que as dependências já estejam instaladas (via pip, gerenciador de pacotes, etc.):
Recomenda-se criar um ambiente virtual e instalá-lo:
virtualenv venv
source venv/bin/activate
cd lightdock
pip install -e .Se não estiver usando pip ou setuptools para desenvolvimento, existe um script bash para compilar todas as extensões:
cd lightdock
./setup.sh Adicione as seguintes linhas ao seu arquivo ~/.bashrc , não se esqueça de alterar /path/to/lightdock :
# LightDock
export LIGHTDOCK_HOME= " /path/to/lightdock "
export PATH= $PATH : $LIGHTDOCK_HOME /bin
export PYTHONPATH= $PYTHONPATH : $LIGHTDOCK_HOMENão se esqueça de aplicar as alterações:
source ~ /.bashrcVocê pode executar testes LightDock:
cd lightdock
nosetestsA documentação completa sobre como executar o protocolo LightDock e diversos tutoriais e casos de uso podem ser encontrados em https://lightdock.org/tutorials.
O LightDock está sendo desenvolvido ativamente e alguns problemas podem surgir ou você pode precisar de ajuda extra para executar o LightDock. Nesses casos, existem duas maneiras principais de obter ajuda:
LightDock está disponível sob licença GPLv3. Consulte o documento LICENÇA para obter mais detalhes.
