kma

Mantenha -me por perto ( kma ): Detecção de retenção de íntron

kma é um pacote R que executa estimativa e detecção de retenção de íntron usando réplicas biológicas e reamostragem. O código atualizado sempre pode ser encontrado em https://github.com/pachterlab/kma

Instalação

Para instalar, primeiro verifique se você possui os pacotes necessários:

 required_packages <- c("devtools", "data.table", "reshape2", "dplyr")
install.packages(required_packages)

Você pode instalar o pacote usando devtools :

 devtools::install_github("pachterlab/kma")

Supondo que tudo corra bem, carregue kma :

 library("kma")

Tutorial

Depois de instalado, consulte a vinheta em R:

 vignette("kma")

Bugs e solicitações de recursos

Por favor, arquive -os no github.

Trabalho futuro

• Ferramentas de plotagem de análise exploratória adicionais
• Forneça análise de uso de íntron diferencial entre condições experimentais
  • Atualmente, temos algumas idéias sobre como fazer isso e provavelmente o implementaremos em breve
• Forneça análise de séries temporais

Autores

O software foi desenvolvido por Harold Pimentel. Os métodos foram desenvolvidos com Lior Pachter e John Conboy.

Ferramentas de código aberto relacionadas

Abaixo, você encontrará uma lista de ferramentas relacionadas e como elas diferem do kma .

Dexseq

Dexseq está interessado no uso diferencial entre regiões genicas. Como resultado, não determina se um íntron está sendo "usado" (em relação à expressão de transripto), simplesmente que está sendo "usado diferencialmente".

Miso

O MISO pode calcular a porcentagem intrônica emendada em (PSI), embora atualmente exija uma anotação modificada em seu site. Atualmente, kma pode trabalhar com qualquer anotação, pois a anotação será processada durante a etapa de pré-processamento. Além disso, o MISO atualmente não fornece suplemento interno para repetições.