bx python

BX-Python

O projeto BX-Python é uma biblioteca Python e um conjunto associado de scripts para a rápida implementação de análises de escala do genoma. A biblioteca contém uma variedade de módulos úteis, mas os pontos fortes específicos são:

• Aulas para ler e trabalhar com vários alinhamentos locais em escala de genoma (nos formatos MAF, AXT e LAV)
• Estrutura de dados genéricos para indexação em arquivos de disco que contêm blocos de dados associados a intervalos em várias sequências (usadas, por exemplo, para fornecer acesso aleatório a alinhamentos individuais em arquivos enormes; otimizado para uso em sistemas de arquivos de rede)
• Estruturas de dados para trabalhar com intervalos em sequências
  • "Bitsets binned" que agem como matrizes de bits do tamanho de cromossomos, mas alocam preguiçosamente regiões e permitem grandes blocos de todos os conjuntos ou todos os bits não definidos.
  • "Intersecter" para realizar testes de interseção rápidos que preservam intervalos de consulta e alvo e anotação associada

Requisitos

Atualmente, a construção requer Liblzo, por exemplo, sudo apt-get install loblzo2-dev no debian/ubuntu).

Instalação

O pacote pode ser instalado com PIP:

pip install bx-python

Está disponível em Bioconda (recomendado):

conda install -c conda-forge -c bioconda bx-python

Está disponível em Debian e Ubuntu:

sudo apt install python3-bx

Ou pode ser construído a partir de uma compra do repositório:

python setup.py install