tIGAr

Tigar

Uma biblioteca Python para análise isogeométrica (IGA) usando fenics. O artigo a seguir descreve o design do Tigar:

 @article{Kamensky2019,
title = "{tIGAr}: Automating isogeometric analysis with {FEniCS}",
journal = "Computer Methods in Applied Mechanics and Engineering",
volume = "344",
pages = "477--498",
year = "2019",
issn = "0045-7825",
doi = "https://doi.org/10.1016/j.cma.2018.10.002",
author = "D. Kamensky and Y. Bazilevs"
}

Dependências

• Qualquer uso significativo requer fênicos (versão 2019.2) e suas dependências.
• Scipy é necessário. (O Scipy já está incluído nas distribuições de Docker da Fenics.)
• O uso do módulo NURBS requer Igakit.
• A compilação da documentação da API requer esfinge.
• O programa mais conveniente para visualizar resultados é o Paraaview.

Instalação

Instale todas as dependências, clone o repositório (ou faça o download e extraia de um arquivo) e anexa o diretório de nível superior do repositório (a saber, aquele com subdiretos tIGAr , docs etc.) na variável de ambiente PYTHONPATH , por exemplo, por adicionando

 export PYTHONPATH=/path/to/repository/: $PYTHONPATH

para o seu arquivo ~/.bashrc (e source de origem). Para (opcionalmente) criar a documentação da API, altere o diretório de docs e o tipo make html . A documentação principal estará em ./_build/html/index.html , que pode ser aberta com um navegador da web.

Em clusters

A maneira mais conveniente de usar fenics (e, portanto, tigar) em clusters de HPC é via singularidade. Uma receita de singularidade para o uso do Tigar está no arquivo singularity-recipe.def . Algumas notas adicionais são fornecidas nos comentários desse arquivo.

Problemas comuns de instalação

• petsc4py.PETSc.Mat object has no attribute PtAP : isso se deve a uma versão antiga do petsc4py . Tente instalar a versão mais recente via pip3 .
• ImportError: No module named dolfin : Isso ocorre ao tentar usar python em vez de python3 . Fenics 2018.1 e mais recente não suportam mais o Python 2.
• Python.h: No such file or directory : isso requer a instalação dos arquivos do cabeçalho para a API do Python C. No Ubuntu, eles podem ser instalados via sudo apt-get install python3-dev .
• ModuleNotFoundError: No module named 'scipy._lib.decorator' : tente reinstalar o scipy, que pode ser feito com o comando pip3 install --force-reinstall scipy .
• Erros devido a versões antigas de fenics: execute dolfin-version em um terminal para verificar sua versão da Fenics. Observe, em particular, que os PPAs do Ubuntu para a versão estável atual da Fenics são mantidos apenas para os poucos lançamentos do Ubuntu mais recentes. A instalação do gerenciador de pacotes em uma versão antiga do Ubuntu pode instalar uma versão mais antiga da Fenics.
• libgfortran.so.3 cannot be found ou outros problemas com libgfortran ao usar o contêiner de singularidade: tente adicionar apt-get -y install libgfortran3 na seção %post no arquivo singularity-recipe.def .