MA_MA_meta

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Repositório para os esforços de meta-análise de multi-ancestrinhos em andamento no Centro NIH de Alzheimer e Dementias Relacionadas (CARD).

Resumo

Os estudos de associação em todo o genoma (GWAS) da doença de Alzheimer são predominantemente realizados em indivíduos europeus, apesar da variação conhecida na arquitetura genética e prevalência de doenças entre as populações globais. Aproveitamos o GWAS publicado e de novo das populações hispânicas européias, da Ásia, África, afro-americana e caribenha para realizar a maior meta-análise de GWAs multi-ancestrais da doença de Alzheimer até o momento. Esse método nos permitiu identificar dois novos locos independentes associados a doenças no cromossomo 3. Também alavancamos diversas estruturas de haplótipos para finos e nove loci e avaliamos globalmente a heterogeneidade de fatores de risco conhecidos entre as populações. Além disso, comparamos a generalização dos escores de risco poligênico derivados de uma ancestrine e de uma única ancestralidade em uma população colombiana misturada de três vias. Nossas descobertas destacam a importância da representação de multi-ancestrinhos na descoberta e compreensão de fatores putativos que contribuem para o risco da doença de Alzheimer.

Links para manuscrito

1. Pré -impressão
2. Publicação TBD

Visão geral

1. Meta-análise

   • MR-MEGA: Realizando uma metanálise de várias ancestrias usando MR-MEGA V0.2.
   • Efeitos aleatórios e fixos: realizando metanálises de efeitos fixos e aleatórios com várias ancestas usando o PLINK V1.9.

2. Análises pós-GWAs

   • Identificando novos loci: identificando locos potencialmente novos, comparando -se a uma lista de loci de anúncios conhecidos.
   • Magamento de multa: mapeamento fino usando MR-MEGA para criar conjuntos credíveis de 99%.
   • SMR: Randomização mendeliana baseada em resumo para nomear genes de suscetibilidade em novos loci.
   • PRs: executando análises de pontuação de risco poligênico e avaliando o desempenho com uma curva do operador do receptor.