consort

consorte

O objetivo do consort é facilitar a criação de diagramas de consorte para o relatório transparente da alocação dos participantes em ensaios clínicos randomizados e controlados. Isso é feito criando dados de disposição padronizados e usando esses dados como fonte para a criação, um diagrama de consorte padrão. O esforço humano, fornecendo rótulos de texto no nó também pode ser alcançado.

Instalação

Você pode instalar a versão liberada do Consort de Cran com:

 Install.packages ("Consort")

E a versão de desenvolvimento do GitHub com:

 # Install.packages ("DevTools") Devtools :: Install_github ("Adayim/Consort")

Exemplo

Este é um exemplo básico que mostra como resolver um diagrama de consorte CREATE com um determinado dados de disposição de sujeitos:

 Biblioteca (consorte) ## Código de exemplo básico

 SET.SEED (1001) n <- 300TRIALNO <- amostra (c (1000: 2000), n) exc <- rep (na, n) exc [amostra (1: n, 15)] <- amostra (c (" Amostra não coletada "," ressonância magnética não coletada "," outro "), 15, substitua = t, prob = c (0,4, 0,4, 0,2)) braço <- rep (na, n) braço [is.na (exc) ] <- amostra (c ("conc", "seq"), soma (is.na (exc), substituir = t) fow1 <- rep (na, n) fow1 [! is.na (braç)] < - amostra (c ("retirada", "descontinuado", "morte", "outro", na),
                            soma (! is.na (braço)), substitua = t, prob = c (0,05, 0,05, 0,05, 0,05, 0,8)) fow2 <- rep (na, n) fow2 [! is.na (braço) e é .na (fow1)] <- amostra (c ("desvio do protocolo", "resultado ausente", na),
                                          soma (! is.na (braço) & is.na (fow1)), substitua = t,
                                           prob = c (0,05, 0,05, 0,9)) df <- data.frame (ensaios, exc, braço, fow1, fow2)
Cabeça (df)#> TrialNo Exc Arm Fow1 Fow2#> 1 1086 <Na> ACC <Na> <Na>#> 2 1418 <Na> seq <Na> <Na>#> 3 1502 <Na> ACT Death < >#> 4 1846 <Na> ACC <Na> <Na>#> 5 1303 <Na> ACC Death <Na>#> 6 1838 <Na> seq <Na> <Na>

 out <- consort_plot (dados = df, ordem = c (testalno = "população", exc = "excluído", arm = "paciente randomizado", fow1 = "perdido de acompanhamento", teste = "acompanhamento acabado", fow2 = "Não avaliado", TrialNo = "Final Analysis"), side_box = c ("exc", "fow1", "fow2"), alocation = "braç", rótulos = c ("1" = "triagem", " 2 "=" randomização "," 5 "=" Final "), Cex = 0,6)

trama (fora) 

Como a plotagem grid não é muito ideal, o cálculo dos coodinatos para os nós não é um trabalho fácil e tentou o meu melhor. Sinta -se à vontade para PR se quiser melhorar. Ou você pode produzir gráfico Graphviz definindo grViz = TRUE no plot . Isso usará DiagrammeR para imprimir o gráfico. O gráfico é ideal para saída brilhante ou HTML.

 plot (fora, grviz = true) 

Ou salve este gráfico Graphviz em png ou pdf

 plot (g, grviz = true) |> diaGrammersvg :: export_svg () |>
     Chartoraw () |> rsvg :: rsvg_pdf ("svg_graph.pdf")